Los datos históricos sobre la construcción del conjunto actual del convento de Huejotzingo no conducen a conclusiones terminantes, y los diversos estudios discrepan en cuanto a la cronología precisa y a las intervenciones de fray Juan de Alameda, tanto en el proyecto como en la construcción.
Según George Kubler, una vez realizado el traslado, se registra actividad constructiva de 1529 a 1539, pero no se pronuncia en el sentido de que el templo y el convento actuales se hubiesen iniciado entonces, ya que existe la posibilidad de que se hubiese levantado una construcción provisional diferente a la actual. Para Kubler, la que conocemos se construyó entre 1544 y 1571. Según la historiadora Marcela Salas Cuesta, las actividades edificatorias realizadas durante este periodo serían las siguientes:
1. de 1544 a 1555 se construyó la plataforma artificial, se levantaron los muros del atrio con sus entradas, se hicieron las capillas posas, la portada lateral del templo y la portería del convento.
2. Entre 1548 y 1560 se construyó el convento con sus anexos, así como la portada principal del templo.
3. En 1550 se inicia la construcción del templo, concluyéndose en 1571.
En cuanto a los bienes muebles que conserva el conjunto, destaca el retablo principal, cuyas pinturas son de Simón Pereyns. Se inició en 1584 y se terminó dos años después. Se sabe, además, que intervinieron los artistas Andrés de la Concha (pintor), Pedro de Requena (escultor) y Marcos de San Pedro (dorador).
