La compleja situación política prehispánica se refleja en el gran número de cabeceras separadas que existían durante el período colonial. Muchos antiguos sujetos buscaron y obtuvieron la categoría de cabecera bajo los españoles.
San Miguel Achiutla tenía en 1548 cuatro barrios en un área de tres leguas y media por cuatro. En el siglo XVIII tenía tres pueblos, además de la cabecera original (San Juan Achiutla Nudzeñu, Santo Domingo Huendio y Santa Catarina Tayata Itnuyete), todos dentro de una legua y media de distancia.
El convento-doctrina de San Miguel se funda en 1556 o 1557.
El conjunto está ubicado en la parte más alta de un cerro al norte de la población y consiste en el gran templo de una nave y, hacia el sur, el claustro.
Sus muros están reforzados por pesados contrafuertes escalonados, colocados rítmicamente sobre sus fachadas norte y sur, formando tramos con una pequeña ventana cada uno, colocada en la parte alta del muro. El acceso norte tiene una portada de estilo renacentista, a la que se llega subiendo una pequeña escalinata.
La portada principal está sobre un podio, desarrollada en dos cuerpos, flanqueada por dos pesados basamentos que ya no conservan sus campanarios.
Actualmente, las campanas tienen una ubicación provisional al norte del templo.
