El pueblo de San Nicolás se localiza sobre una porción del valle de Miahuatlán, se ha formado alrededor del antiguo casco de la hacienda del mismo nombre, por quienes anteriormente trabajaron ahí. Este lugar fué una de las primeras estancias establecidas por los españoles en la región.
El templo se emplaza al centro de la traza lineal caractristica del sitio. Un enorme atrio, con nivel de piso por debajo de las calles perimetrales lo antecede y rodea por los cuatro lados. La planta es de una nave dividida en cuatro entrejes.
La fachada principal mira al oriente, está compuesta por un cuerpo bajo de proporción horizontal, que contiene la portada, dividida ésta en tres cuerpos. El primer cuerpo tiene las jambas con pilastras lisas y nichos con peana circular, ahora vacios, en las entrecalles laterales. Una cornisa de doble banda divide el primer cuerpo del segundo. En el segundo cuerpo continuan las pilastras, aunque el ventanal tiene sus propias jambas. En cada una de las calles laterales existen tres pequeños nichos, tambien vacios. Un frontón tríangular muy rebajado remata la portada, sobre éste se ha construido otro remate de pérfil trapezoidal con distinto lenguaje formal. A ambos lados se levantan torres con campanarios muy altos coronados por cupulines con linternillas. La decoración está hecha con pintura de color amarillo ocre sobre fondo blanco.
En los muros de las fachadas laterales, de mampostería aparente, sobresalen los contrafuertes que dividen la nave en cuatro secciones. En la parte alta de los muros, se observa el prétil agregado a la capilla al perder el edificio su techumbre original y ser sustituida por trabes y losas de concreto. En el costado sur se adosó un local de proporcíon cuadrada cubierto con bóveda de casquete esférico para servir como sacristía.
El sotocoro y el coro ocupan el primer tramo de la nave. La nave es un espacio sumamente estrecho, aunque de gran luminosidad, por los ventanales que perforan ambos muros laterales. Al fondo de la capilla, está el altar, construido en mármol con ornamentación dorada, elevado cuatro escalones del piso de la nave. En el muro testero se halla la imagén de la Virgen de los Dolores en una vitrina y a los lados, sobre peanas están las imágenes de la Virgen del Carmen y de San Nicolás Tolentino.
