La crónica del siglo XVII nos dice que “… administran este beneficio [de Tlalpujahua] clérigos, tiene el cura de salario trescientos y cincuenta pesos que pagan en virtud de mandamiento y proporción real los mineros…”, y dentro de los pueblos de beneficio considera a “… Tlalpujahua tiene diez y seis indios…”. En 1765 nos dice: “… entre una y otra clase de vecinos se construyó la parroquia antigua, algo estrecha y baja, mal repartida, hecha con piedra de guija, por lo que no hizo perfecta unión, techada con madera y cubierta de tejamanil…”.
La llegada del nuevo párroco en 1730, don Felipe Neri Valleza, encontró el templo amenazando ruina, por lo que procedió a demolerse y hacer uno nuevo. El cronista nos dice: “… Estaba verdaderamente indecente por esto y porque amenazaba ruinas, se demolió y en el mismo lugar está hoy construida una parroquia digna de verse y aún de admirarse, por conseguida en el tiempo de las mayores miserias de este Real, en que daban fruto algunas minas y hoy ninguno. Tiene la parroquia, que es de cal y canto, 58 varas de largo, 12 varas y media de ancho y 17 varas de alto, crucero y un simborrio tan pulido que, a juicio de los más diestros arquitectos, no puede mejorarse, con una sacristía también de bóveda, correspondiente en su extensión y hermosura a la fábrica de la iglesia, que está como amurallada y fortificada por la parte que declina el cerro, con dos capillas de cal y canto y bóvedas que sirven de retén a la iglesia para que pueda deslizarse. Están en la parte superior del cerro, contiguas a la iglesia, dos capillas hoy de tejado y en ánimo de que, para la igualdad, se hagan de bóveda. Se haya adornado el templo con cinco colaterales: el mayor, dos en los cruceros y dos en el cañón de la iglesia. El mayor, nuevo y bueno; el del crucero siniestro; el del diestro, antiguo y decente; los dos cañones son, aunque antiguos, buenos, todos los vestidos con sus paramentos necesarios a los sacrificios…”.
“… Últimamente se halla todo lo conducente a la espiritual y material fábrica tan decente que, en la última visita que hace poco se hizo, no hubo que reprobar, antes sí mérito para que se dieran las gracias…”.
En 1848-49, el cabildo catedralicio asienta en sus actas las nuevas modernizaciones que se le harían a la iglesia, empezando por la reconstrucción de la torre principal, recientemente destruida por un rayo.
El edificio que hoy vemos es de gran calidad, trabajado en cantera casi en su totalidad.
El atrio es una explanada cortada en el cerro, a la que se ingresa mediante escalinatas de cantera. El piso es embaldosado con placas de piedra gris; en él se encuentra la cruz atrial, colocada en el siglo XIX.
La fachada, de estilo barroco, utiliza las columnas de fuste salomónico, de influencia poblana y queretana.
Se compone de tres cuerpos y tres calles, separadas por ejes de columnas, formándose del total de la fachada una portada de primer orden. El paramento se delimita por un grueso contrafuerte que alberga una gárgola ornamentada con la cabeza de un felino, que forma pareja con la del lado opuesto, que queda embutida en el cuerpo de la torre.
Los ejes verticales se conforman de columnas sobre altas basas, decoradas con sirenas y tritones, de fustes salomónicos con capiteles ensanchados anástilos. Un entablamento con ático separa los cuerpos horizontales. En el inferior está el acceso, con arco de medio punto de extradós moldurado, con capiteles decorados con follaje, sin ajustar a ningún orden clásico; lo flanquean nichos en las calles laterales, con arco en venera, que alojan esculturas de presbíteros.
El entablamento, de múltiple molduración y pronunciadas salientes, sigue el ritmo de los portales inferiores; la ornamentación se concentra en las enjutas, a base de follaje y querubines; el friso se decora con ornamentación vegetal y dentículos en la cornisa.
El segundo nivel sigue los lineamientos del primero. Se inicia sobre un ático encasetonado en alto relieve, alternando casetones, dos horizontales y uno vertical.
Sobre la cornisa del ático está la ventana del coro, con arco mixtilíneo de extradós moldurado e imposta sobre estípites, con querubines, santos, mascarones y follaje; al centro del arco, una venera con dos roleos cierra la parte superior. En los ejes laterales se sitúan los nichos con esculturas que representan dos obispos. Las columnas repiten el diseño de las inferiores, solo varía el capitel.
El encasetonado se repite para separar el tercer cuerpo, que corresponde al frontispicio de silueta ojival, que cierra la magnífica portada.
La composición gira en torno a un nicho doble, con San Pedro y San Pablo, titulares del templo; el nicho está flanqueado por estípites de capitel caprichoso, rematado con perillones y fuste ornamentado con las esculturas en relieve de San Joaquín y Santa Ana, mascarones y follaje.
El imafronte contiene un recuadro con la Eucaristía entre cortinajes y querubines. Se flanquea por dos almenas en perillón, que rematan los ejes centrales que delimitan la calle. La cornisa del remate es ancha y se curva sinuosamente en un imafronte bulbiforme, que culmina en la tiara pontificia, la cual significa la culminación de la jerarquía eclesiástica a que hace referencia el sentido iconográfico de la fachada, que baja escalonada desde los apóstoles hacia los obispos y, posteriormente, a los párrocos. En el vértice del frontispicio, el arcángel Rafael remata el conjunto como mensajero entre Dios y su Iglesia, apoyado sobre una tiara.
El simbolismo de la fachada representa la jerarquía eclesiástica de la Iglesia y su dinámica militante contra el pecado a través de la Eucaristía.
La torre se ubica a la derecha de la nave; el cubo de la base data del siglo XVIII, los tres cuerpos superiores, de ladrillo y tezontle, se construyeron un siglo después. En su interior se encuentra el altar de la Trinidad, que se ilumina por una ventana rectangular; se ingresa por el lado oriente a una escalera helicoidal que conduce al campanario.
El primer cuerpo es de planta cuadrada, con basamento moldurado y un vano por cara, con arco de medio punto, con imposta y pilastra cuadrada, flanqueado por columnas de capitel redondeado y pilastras adosadas que forman la esquina.
La cornisa sirve de base a un ático que soporta el segundo cuerpo, similar al primero, que alberga la carátula del reloj; el tercero es muy reducido, octagonal, con ventanas en sus caras. Se observan algunas grietas que no son nuevas; sabemos que en 1893 se repararon los paramentos, agregándose contrafuertes y tensores para evitar el desplome de los muros formeros.
La nave es de planta de cruz, con capillas adosadas al cuerpo principal del lado poniente, empezando por el acceso al bautisterio, techado con bóveda de luneto; conserva una pila monolítica de relieves y ornamentos de técnica indígena, con tallas planimétricas. La siguiente capilla está dedicada a Nuestra Señora de Lourdes, y junto al crucero, la de la Sagrada Familia.
En el muro poniente, junto al cubo de la torre, está la capilla dedicada a la Pasión. Al centro de ese mismo lado se encuentra el acceso lateral, seguido de la Capilla de la Virgen de Guadalupe. El crucero está dedicado a San Agustín y a San Francisco. El altar mayor está dedicado a San Pedro y a San Pablo.
Los gruesos muros de mampostería soportan toda clase de techumbres; bóvedas de arista y de cañón se mezclan indistintamente con bóvedas de lunetos. El crucero se cubre con una bóveda de tambor cilíndrico.
Los famosos retablos fueron sustituidos durante el siglo XIX, en un largo proceso que no culminó hasta 1899, en que todas las capillas habían sido remodeladas. En 1892, con la prosperidad de las minas, los trabajos se intensificaron, planeándose por el cura en turno, don José María Galván, igualar el estilo general decorativo de la iglesia; en 1901 se comisionó al artista don Joaquín Orta Menchaca para unificar el criterio y realizar los trabajos de remodelación, que concluirían en 1905 con un costo total de $11,070.93, aportados por los vecinos de Tlalpujahua y pueblos cercanos, lográndose el grandioso efecto anástilo que hoy vemos. En 1937, el altar mayor se modificó para colocar en él a la Virgen del Carmen, ya que su capilla estaba en ruinas, retirando a la Virgen de Guadalupe. En 1958 se doró el altar mayor y, dos años más tarde, el arquitecto Manuel González Galván reconstruyó la torre de la sacristía.
