La construcción de este templo se inició el 20 de enero de 1706 por el señor Francisco Javier de Vizcarra, marqués de Pánuco, y se terminó en 1785. Su advocación es al mártir San Sebastián; el primer párroco fue don Francisco de Acevedo. En la construcción de este templo también participó el señor Isidro Arellano Rico, minero de Pánuco, así como la comunidad. Este inmueble fue de los pocos, dentro del estilo barroco, que se construyeron en la época colonial en el noroeste del país.
Para construir el templo se contrató al arquitecto Ortigoza, así como a canteros especializados de Querétaro y Guadalajara, ya que fue recubierta totalmente. La sacristía fue construida como anexo al lado derecho del templo en 1785, siguiendo la arquitectura original, y la torre en 1902. El piso original era de madera de cedro en tablones y fue sustituido por mosaico en el año de 1909 por el sacerdote Federico Dávalos.
Al pie del altar se encuentra sepultado fray Bernardo del Espíritu Santo, obispo de Sinaloa y Sonora, ardiente opositor del emperador Iturbide. Falleció en Concordia el mes de junio de 1923.
