Ubicado en el distrito de Etla, el pueblo de San Sebastián Xochimilco se localiza al norte de la cabecera. El templo actual es de una sola nave, con cubierta a dos aguas, ahora de lámina acanalada. Su portada ha sido intervenida muy recientemente (1994), y el campanario del lado sur fue reconstruido desde la parte media del basamento, aunque de menor dimensión que el original. Parte del templo (ábside) aún se conserva en adobe, mientras que la nave y la portada son de mampostería labrada. En su interior conserva un retablo barroco dorado de estilo salomónico en el altar mayor y dos campanas fechadas en 1785 y 1790.
