La inhumación de los cadáveres de la ciudad se realizaba en varios sitios: los principales y los clérigos eran enterrados en el atrio o en la nave de las iglesias. Posteriormente, al aumentar el número de fallecimientos debido a las pestes que sufrió el asentamiento a principios del siglo XVIII, se hizo necesaria la creación de un camposanto fuera de los límites de la ciudad, designándose para su ubicación un solar entre las haciendas de San Jerónimo y San Agustín hacia 1760, denominándolo de San Sebastián.
La iglesia y su necrópolis están históricamente ligadas a otra pequeña capilla, conocida como del Santo Cristo de Gutiérrez, con la que colinda por el callejón cerrado de San Sebastián. Aunque los documentos escritos remiten hasta la fecha de 1775 para su construcción, existen documentos gráficos que prueban que el templo de San Sebastián ya estaba en pie para 1750, con las dimensiones y cúpula actuales, aunque sin torre campanario.
El aspecto de su planta es de una sola nave, dividida en tres tramos, cubiertos en los extremos por bóvedas de cañón con lunetos y el central por una primitiva cúpula octagonal. El acceso se realiza a través de una portada que solo presenta un marco de cuartón sin tallar; sin embargo, la portada lateral (hoy cegada), labrada de manera más rica, presenta una composición digna de estudiarse detenidamente. Asimismo, es digno de mencionarse el espléndido retablo neogótico que se conserva en el presbiterio.
Articulada en base a dos cuerpos, localiza en el primero de ellos la puerta de medio punto, soportada por apoyos cuyos capiteles forman las impostas; flanqueando esta disposición, existen otras dos pilastras resaltadas, con los fustes entablerados, que cargan el cornisamento, cuyo friso alberga una moldura en toro. El segundo cuerpo integra un nicho enmarcado por gruesas pilastras, con capialzado conchiforme. Remata la composición una pequeña cruz entre dos pináculos.
La única torre de la fachada fue levantada a mediados del siglo XIX, al tiempo que, tal vez, se haya retirado la portada original del inmueble para ser sustituida por la actual. La torre presenta una concepción neogoticista, compuesta por un solo cuerpo de planta cuadrangular que articula un vano de medio punto entre pilastras jónicas de fuste entablerado por cada una de sus caras, mientras que un chapitel remata la composición, descansando sobre la bóveda del elemento.
La cúpula que cubre el segundo tramo, a manera de pseudocrucero, está desplantada desde un breve tambor octagonal, con cuatro vanos trilobulados dispuestos de manera ortogonal hacia los ejes de la nave, mientras que una media naranja gallonada asciende hasta una linternilla que corona la composición.
