Este templo -como muchos de los que se encuentran en el campo, rumbo a las fértiles tierras del Bajío- es resultado de la evolución que padecieron las antiguas capillas construidas dentro de las haciendas agrícolas, para la atención espiritual de su propio personal. En este caso la capilla fue construida anexa a la Casa Grande de la hacienda, por lo que su función estaba más encaminada a prestar servicios a la familia del hacendado, que a los operarios de la hacienda.
La hacienda de Santa Ana del Conde tuvo un mediano auge en el último tercio del siglo XIX, que marcó el momento de la construcción de los grandes edificios que permanecen en pie, como lo son un gran molino de semillas, varios graneros, la casa del hacendado y la Capilla de Santa Ana, que marca en las claves del arco de acceso la fecha de 1880.
Después del movimiento revolucionario de 1910 y el posterior reparto agrario, la hacienda fue abandonada y los edificios principales sufrieron graves deterioros e incluso el desplome total de las estructuras. La capilla de Santa Ana no escapó a esa suerte, puesto que toda la nave original cayó por tierra hace cerca de cincuenta años, permaneciendo en pie únicamente la fachada principal, que es la que se observa en la actualidad.
Posteriormente, en los años cercanos a 1960 se instaló en los antiguos edificios un seminario católico, al tiempo que fueron reconstruidos los espacios arruinados. De esta manera, se reconstruyó la nave de la vieja capilla, levantando una nave única con varios espacios agregados al lado de la epístola, fabricada con concreto armado y cubierta por varias losas poliédricas. En la actualidad el edificio ostenta el rango de parroquia.
La fachada principal del edificio se muestra como una continuación del muro frontal de la casa grande de la hacienda; de esta manera, se observa el paramento de la capilla complementado por una esbelta torre ubicada en el lado del evangelio. Este elemento posee dos cuerpos y un altísimo remate con la forma de un pináculo de inspiración neogótica. Cada uno de los cuerpos de la torre muestra arcos de medio punto en cada una de sus caras, flanqueados por lisas pilastras en sus extremos.
Al centro de la fachada se observa una sencilla pero interesante portada ecléctica, cuyo primer cuerpo está formado por dos pilastras de fuste con resaltos, que carecen de capitel al ser sustituidos por sendas ménsulas que se proyectan hacia afuera del muro para recibir un dintel ornado con discos en sus extremos. Sobre éste descansa una gran cornisa con dentículos que sirve de base al enmarcamiento de la ventana coral, ahora tapiada.
