La idea de esta fundación parte de tres hermanas conocidas como las Philipas, las cuales poseían un importante capital y, deseando tomar estado religioso, recurrieron a los padres del convento de Santo Domingo, proponiendo la fundación de un convento de monjas dominicas, orden que no existía en la capital, puesto que la fundación primera de esta orden se realizó en la actual ciudad de Oaxaca.
En 1581, la idea de las Philipas fue aceptada, lográndose la aprobación de la fundación en 1533 y por bula del papa Gregorio XIII.
La fundación se llevó a cabo por dos monjas procedentes del convento de Santa Catalina de la ciudad de Oaxaca.
La edificación del primitivo convento debió de ser muy modesta, ya que en 1595, por falta de cupo, se cambiaron a otra propiedad. Esta, a su vez, resultó también insuficiente para albergar a la comunidad, por lo que se adquirieron nuevas propiedades. En 1619 se colocó la primera piedra del actual templo, terminándose en 1623.
Este templo fue considerado “de los más hermosos de la ciudad”, quizá por sus retablos actualmente embodegados.
Se consideró a las monjas dominicas como ejemplares en la austeridad de sus vidas, similar tan solo a las de las carmelitas o capuchinas, ya que ayunaban siete meses del año, no tomando jamás carnes y alimentándose tan solo de cereales y verduras.
La doctora Josefina Muriel cita que el mismo hábito usado era en sí motivo de penitencia, ya que incluso la ropa interior era de lana sin cardar.
La observancia de este convento estaba directamente bajo la vigilancia del provincial de los dominicos.
Estas monjas estuvieron sujetas al clero regular hasta finales del siglo XVIII, pasando a la jurisdicción arzobispal a principios del siglo XIX.
En 1797, el convento amenazaba ruinas, por lo que fue parcialmente reedificado.
Debido a las leyes de la desamortización, las religiosas que ocuparon este convento fueron exclaustradas en marzo de 1863; sin embargo, lo volvieron a ocupar en junio y fueron definitivamente desalojadas en 1867, convirtiéndose el edificio en cuartel y permaneciendo el templo abierto al culto.
Con motivo de la construcción de la Escuela Nacional de Jurisprudencia, se demuelen parte de los coros y la torre.
El edificio fue declarado monumento el 30 de julio de 1931.
Por decreto presidencial del 29 de septiembre de 1933, se destinó al servicio de la Iglesia Nacional Presbiteriana “El Divino Salvador”.
El 7 de octubre de 1941, un altar neoclásico con un baldaquino realizado en el siglo XVII se trasladó a la parroquia de Múzquiz, Coahuila.
Hacia 1947 se hicieron diversas transformaciones, retirando todos los retablos y trasladándolos a las bodegas de Bienes Nacionales ubicadas en Tlatelolco.
En 1964 se hace la restauración de la fachada a cargo de la Dirección de Monumentos Nacionales.
Del convento de Santa Catalina de Sena subsisten en la actualidad algunas construcciones, entre ellas el templo, modificado ya que los coros fueron afectados al construírseles losas de concreto, quedando pocos elementos en forma original, ya que todo el interior fue transformado.
El templo consta de una nave techada por bóvedas de cañón con lunetos, una de arista y una cúpula de tambor octogonal, cerrada por un casquete y rematada por una linternilla.
En la parte ocupada por el ábside puede observarse un nicho que señala la estampa por la calle de Venezuela. Por la calle de República de Argentina se puede observar otro nicho; los dos actualmente carecen de imágenes.
En la actualidad, el edificio perdió su aplanado original con el objeto de mostrar el material constructivo.
Como muchos de los templos de los conventos de monjas, los accesos se realizan por dos portadas paralelas al eje de la calle.
La portada norte se compone de un arco de medio punto moldurado que descansa sobre los capiteles de pilastras entableradas. Flanquean el vano otras dos pilastras sobre plintos de fuste entablerado y capitel dórico, que dan base al entablamento que presenta resaltos sobre las pilastras, con el friso decorado con almohadillones mixtilíneos y la cornisa curva en el centro por el paso de una ménsula.
A manera de segundo cuerpo se encuentra un nicho sobre un basamento con relieves y una cornisa mixtilínea. El cerramiento del nicho es por un arco trilobulado. Una moldura enmarca y perfila el nicho, a la vez que da base a un friso decorado con relieves, protegido por una cornisa que se remata mediante dos roleos y una moldura mixtilínea central.
La segunda portada, mucho más sencilla, consiste en un arco de medio punto moldurado sobre los capiteles de las pilastras de fuste entablerado, conformando el marco de entrada. Se observan también dos pilastras entableradas con plinto y capitel dórico, sobre las que descansa un entablamento con un escudo en la parte central, siendo este la cruz de Alcántara, símbolo de las órdenes dominicas. En el friso se lee: “EGO EN MI STIGMAT de OMNIE SU IN CORPORE MEO POR ADG AL 6 CAP”.
Sobre la cornisa se abre una ventana enmarcada con cantera abocinada y con cerramientos de arco rebajado, limitada por dos pináculos.
En el interior cabe hacer notar que subsiste la tribuna realizada en madera tallada (y labrada), con su celosía doble.
Esta iglesia fue muy mutilada por la parte de los coros fue invadida por la construcción de la actual ex escuela de jurisprudencia de la UNAM. La otra parte se convirtió en la iglesia nacional
presbiteriana que le retiro todas las imágenes y retablos que se encontraban en el interior del templo.Sólo conservóla reja del coro alto y la tribuna.
