Para 1520, Acatepec era controlado por el señor de Tzapotitlán.
La cabecera de San Martín Tzapotilán fue trasladada por los franciscanos, quizás en la década de 1560. La relación de 1570 da los nombres de diez estancias sujetas, una de las cuales era Santiago Acatepec.
La capilla que se conserva hasta nuestros días es de una nave, con el presbiterio de menor anchura y elevado sobre un podio; está cubierta a dos aguas, con una armadura de madera y lámina. Tiene sacristía y una torre de pesado basamento, así como un campanario de un cuerpo rematado con un cupulín y un pináculo en cada esquina.
