Por iniciativa de don Diego Caballero y su mujer Inés de Velasco, condes de la Canal, se inician los trámites para lograr la fundación del Convento de Santa Inés en 1596. Ésta institución debería, según los estatutos de sus donantes, alojar únicamente a treinta y tres religiosas, seleccionadas entre la población femenina que deseara tomar ese estado y que no contaran con los recursos económicos suficientes para pagar la dote que se pedía en los otros conventos de la ciudad. También se establecía que deberían de quedar sujetas a las reglas de la Orden de la Inmaculada Concepción, cumpliendo así con los votos de castidad, pobreza, obediencia y clausura.
La clausura se cerró el 17 de septiembre de 1600, iniciándose la vida conventual en los "seis pares de casas" que los Condes cedieron para que se estableciera el convento, y que adaptó para tal fin, el Alarife Alonso Martín. De esta obra no subsiste casi ningún elemento, ya que el convento sufrió varias modificaciones propiciadas por la Orden Real que, desde 1774, obligaba que las religiosas establecieran una vida en mayor comunidad, suprimiendo las habitaciones particulares en que vivía cada monja desde la fundación.
En 1815 don Manuel Tolsá realiza un informe del estado en que se encontraba la edificación del convento; de ella deducimos que las religiosas no contaban con baño, ni escalera central, tampoco con una cocina común, sino que seguían manteniendo varias formas de vida aislada. También describe las pésimas condiciones en que se encontraba el edificio. Es muy probable que a partir de este certificado él haya realizado una reparación, cuyo elemento más importante sea la escalera principal, que perdura hasta la fecha, guardando características propias de las obras de Tolsá.
Con motivo de la exclaustración, el edificio que ocupaba el convento fue fraccionado para su venta, y desde 1861 la comunidad se retiró de su sede originaria. Actualmente el lote número 13 ocupa parte de lo que fuera el claustro principal, que fue ocupado y transformado en viviendas y posteriormente utilizado como bodega-tienda de retacería de tela.
El lote número 15 siguió guardando su función de sacristía y sus cambios se desarrollan paralelos a los del templo de Santa Inés, que se encuentra adjunto.
En la esquina sur-oriente del patio se levanta la escalera de tres rampas, sustentada por arcos labrados en cantera; termina en la planta superior con dos arcos de medio punto y un óculo central.
Aún cuando el patio es cuadrado, solamente son tres las crujías, ya que en el costado sur limita con el templo.
La fachada original fue transformada por la remodelación del siglo pasado, abriéndosele balcones y puertas. En el interior se conservan la mayoría de los muros originales, así como otros de épocas posteriores realizados con materiales diversos como tabique, cartón y lámina.
En 1861 las religiosas son exclaustradas, el convento se fracciona y se cierra el templo al culto. Hacia 1880 se remodela el interior con altares de gusto neoclásico. Desde 1904 está a cargo de los padres salesianos. Hacia 1930 es restaurado por el arquitecto Vicente Mendiola. Al escultor Juan Olaguibel (el autor de la "Diana cazadora"), se debe la imagen de Santa Inés que se encuentra en la fachada posterior del ábside.
Se cuenta que en este templo se reunían hacia el siglo XVIII un importante grupo de pintores. Aquí fueron sepultados en1756 José Ibarra y el célebre Miguel Cabrera en 1760.
