El nombre de Comachuén deriva del tarasco y significa "lugar sombrío". Data su fundación del siglo XVI, en que los frailes de San Francisco le dieron la advocación de la Asunción de María, según consta en el libro de congregaciones, que contiene expedientes de los años 1603 y 1604.
La capilla y la huatápera eran los únicos edificios construidos en una prominencia, alrededor de los cuales se encontraban seis trojes y ucuaros.
En el siglo XVII, en el ramo referente a las Doctrinas y Beneficios de Clérigos, se indica que Comachuén dependía del beneficio de Capacuaro, todos tarascos, y cuya administración pertenecía a clérigos del sitio que nos ocupa. Dice: "...El pueblo de Comachuén, que le administra el beneficiado de Civinan [Sevina], y goza de la tazación y obenciones que los beneficiados de Capacuaro por pereza le han querido perder, no obstante que les pertenece...". El informe nos indica que Comachuén primero perteneció al beneficio de Capacuaro, pasando al de Sevina; quedando por último bajo la cabecera de Nahuatzen, a quien pertenecía en el siglo XVIII.
En septiembre de 1754, el bachiller Juan Barón de Avilés responde a la Carta Cordillera enviada por la Santa Inquisición desde el pueblo de Nahuatzen, diciendo que esta cabecera de curato se componía de cuatro pueblos; uno de ellos es Santa María Comachuén, a dos leguas de distancia. Agrega que: "...el pueblo de Santa María Comachuén tiene 71 indios e indias casadas y viudas y 19 muchachos y muchachas de doctrina...", lo que indica que en el lugar había iglesia y en ella se impartía catequesis.
Aunque la fundación oficial a manos de seculares se hizo en 1630, para 1789 el templo es descrito de la siguiente manera: "...Su iglesia consta de una nave de paredes de piedra y lodo, techo de tejamanil, entablado inferior, artesón pintado, coro alto con órgano sin uso por ausencia de un organista, sacristía, curato, altares con sus retablos de mala escultura [seguramente barrocos] y dos tarimas con alguna fea talla sobrepuesta; fuera del templo se halla una torrecita de los mismos materiales que sostiene las campanas...". En 1895, a causa de un temblor, fue suspendido el culto público, ordenándose la reconstrucción por el sacerdote del lugar. En 1909, por causas desconocidas, se suspendió el culto, reabriéndose en 1913 como dependiente de la parroquia de Nahuatzen.
En 1964 se construyó un templo nuevo, plaza por medio, iniciándose el saqueo de las canteras de la portada del monumento. En mayo de 1978 se quemó por explosión de cohetes y, desde entonces, se encuentra en estado ruinoso.
El área que ocupó la huatápera fue utilizada para asentar ahí la escuela primaria Miguel Alemán. El presbítero Rafael García pretendió reconstruir la nave, siendo removido sin lograr su objetivo, propiciándose el deterioro de los muros aún en pie.
La techumbre de esta iglesia se conservaba en parte y la torre fue destruida, borrándose todo vestigio de su existencia. Los vecinos optaron por construir un templo nuevo en el lugar, trasladando al sitio las imágenes y los altares, que se montaron nuevamente. La belleza y calidad de las mismas nos permiten imaginar el altar barroco de "mala escultura", ya que una de las imágenes que se conserva porta vestimenta estofada; la Dolorosa está hecha para procesiones y el Señor del Calvario es una espléndida imagen de pasta de caña en una cruz de indudable estilo barroco. Es indudable que, después de la inspección ocular de 1789, los altares estofados se eliminaron, sustituyéndose por los actuales.
El conjunto que constituía el templo de Comachuén ha sido modificado de manera considerable. A su lado se ubica un centro de asistencia; al frente, lo que fue el atrio sirve como cancha y se extiende baldío, carente de vegetación, cubierto por una plancha de concreto; se delimita por un murete de mampostería que hace las funciones de elemento de contención para el terreno, que forma una pequeña loma en cuya parte más alta se asienta la iglesia.
Alineada a la fachada se encuentra la cruz atrial, sobre una basa cuadrada con las aristas rebajadas a la manera de tablero dieciochesco; se escalona sobre una cornisa moldurada que sube formando un bulbo, cuya cúspide desplanta una cruz de brazos trilobulados labrada en una sola pieza.
La fachada de la nave es lo único que se conserva en pie. En 1985, las autoridades solicitaron el predio para ampliar la escuela; en la visita que realizamos vimos los tablones del techo aún colgando de una dañada viguería, apoyada sobre consistentes muros de mampostería con mezcla de lodo. La solicitud fue denegada por el Departamento de Bienes Inmuebles de la Secretaría de Desarrollo Urbano y Ecología estatal; poco tiempo después, los muros fueron demolidos y se utilizó el terreno como ampliación de la escuela.
El paramento que constituye la fachada es plano, con un acceso al centro delimitado por un arco de cortas dovelas que se apoya en impostas y jambas lisas; se flanquea por pilastras planas que rematan en una cornisa que corta el paño, separando el cuerpo del principal imafronte triangular, que está delimitado por una cornisa en saledizo con almenas en los vértices. La ventana del coro es rectangular, se apoya en una repisa, rematando con dintel de arco escarzano a ras de la cornisa que divide los cuerpos. Una grieta desciende por el paramento desde el vértice del frontón hasta el riñón del arco, en donde se divide, poniendo en riesgo la estabilidad del testero, agravándose más el peligro debido a la pérdida de la clave del vano coral.
El acceso principal está tapiado con tablones.
Los altares fueron transferidos después del incendio al templo principal; son tres y sus características denotan fuerte influencia ecléctica y deficiente manufactura. No sucede lo mismo con las imágenes de origen colonial que albergan. Una piedra colocada en la basa de la cruz atrial indica la fecha de reconstrucción de la iglesia, aunque lamentablemente tan dañada que es casi ilegible, puede leerse: "DIA SAVADO 17D. NOVD 17? AñOS ADEVOCIO N de COLONA".
