Conquistada la ciudad de Tenochtitlan por los españoles y sus aliados indígenas, inicio a conversión de los naturales de esta tierra a la religión católica. En el paraje conocido por Mixiuhca, que en lengua mexica quiere decir "Lugar del Parto", llamado también Yoalatzinco Anepantla. Posiblemente sobre las ruinas de un adoratorio a una divinidad azteca se erigió una ermita bajo el patrocinio de Santa María Magdalena.
Las ordenes religiosas que participan en la evangelización de los naturales del nuevo mundo tenían especial devoción por aquellos personajes estrechamente ligados con la vida de Cristo mencionados en la Biblia, así como de santos predilectos de su orden y de los inconversos o gentiles. En el caso que nos ocupa fue diferente, Doña María (Moctezuma) hija del gran señor Moctezuma II, doncella cacique perteneciente a la alta nobleza tenochca y convertida al cristianismo pidió al conquistador Hernán Cortés una imagen de Santa María para patrona del lugar donde era oriunda. El poblado recibió de Cortés a Santa María Magdalena el 15 de septiembre de 1528, de ahí derivó su nombre la ermita y la comarca.
La primera ermita en su honor era pobre como las primitivas iglesias novohispanas, fabricada con material de adobe, después se levanta un edificio más sólido con reminiscencias barrocas de las que no-queda vestigio, a excepción de esculturas de santos, en cambio predomina el estilo clásico cuyo ejemplo es el actual altar mayor propio de los siglos XVIII y XIX.
La capilla estuvo sujeta a la parroquia de indios de San Pablo Apóstol en la ciudad de México desde el siglo XVI hasta más allá del XVIII, concretamente en 1772 año en que se reestructuran las parroquias metropolitanas por el arzobispo D. Antonio Lorenzana con aprobación del Rey Carlos III, en ejercicio del Real Patronato, la capilla de la Magdalena es separada de San Pablo pasando a la nueva parroquia del barrio de Santo Tomás la Palma (actualmente en la Merced).
Durante los sismos de los días 7 y 10 de abril de 1845, la capilla sufre daños considerables.
Las Leyes de Reforma expedidas por el Estado mexicano -1856 y 1859- contra los bienes eclesiásticos no afectan al edificio. Conforme al Bando Oficial de 24 de octubre de 1861, el gobernador del Distrito Federal Juan José Báez dispuso que la Capilla de la Magdalena permaneciera abierta al culto.
La naturaleza del terreno era de alta humedad y salitrosa por encontrarse sobre el lecho del antiguo lago, aunado a esto el agua procedente de la gran acequia de la Viga que alimentaba los canales y chinampas del pueblo, influyó en el constante deterioro del edificio por lo que la SHCP en 1857, lo registre como clausurado.
La antigua barda atrial fue construida en junio de 1899, según inscripción que actualmente esta en la clave del arco central.
En la década de los años veintes del pasado siglo, el techo sostenido por vigas con zapatas se cambio por la actual bóveda de cañón, diseñada por el arquitecto Ignacio Mariscal. Lo novedoso fue el uso del concreto armado en los cinco arcos torales que sostienen la bóveda, la cimbra o armazón la ejecutó el carpintero de la Magdalena Sr. Teofilo Vega Luna autor del primitivo kiosco de madera en el pueblo. Los vecinos varones participaron como peones voluntarios a través de faenas.
Como resultado del enfrentamiento entre el clero y el estado mexicano, 1926-1929, en la capilla el culto quedó suprimido por lo que el templo con todos sus objetos debidamente inventariados se entrego a una junta vecinal, por orden de la Secretaría de Gobernación. Permanece cerrada temporalmente, hasta que el 23 de diciembre de 1931 por decreto del Presidente Gral. Abelardo L. Rodríguez ordena su retiro del culto, transfiriendo el edificio para su resguardo a la Secretaría de Hacienda. Por decreto de 17 de abril de 1935 expedido por el presidente Gral. Lázaro Cárdenas dispone que el ex templo sea entregado a la SEP, destinado a escuela y centro cultural de obreros y campesinos, hubo vecinos que apoyaron esta disposición sin embargo la mayoría no estuvo de acuerdo degenerando en violencia.
La política conciliadora del presidente Ávila Camacho hizo posible la apertura del templo, hacia 1945 se declara vicaría fija y designado capellán el Pbro. Pablo Medina Tena, al año siguiente el gobierno abrió el expediente para proceder a la nacionalización del templo.
Conforme al decreto del Arzobispo Primado de México Dr. Luis María Martínez en 15 de octubre de 1953, la capilla se erige en parroquia independiente, siendo el primer párroco el Pbro. Jesús Valero Estrada, durante su administración mandó hacer obras como los detalles de la cúpula y su linternilla con balaustrada, se levanta un segundo cuerpo a la torre y cubriendo la fachada con loseta de tezontle, se pone el piso de mosaico, mediante colecta de los fieles y con recursos del ejido.
En 1981 la SHOP expidió una declaratoria de nacionalización del terreno e inmueble que ocupa la parroquia a favor de la Nación.
La arquería atrial y enrejado, el piso y las paredes de mármol interiores, la nivelación del presbiterio y el reloj monumental son obras recientes hechas bajo la administración de los párrocos Juan Salazar, Francisco Aranda González, Abel Fernández y Benjamín Bravo.
DESCRIPCIÓN ARQUITECTÓNICA
La planta del edificio tiene forma de cruz latina, sus muros de piedra con tezontle y contrafuertes en los extremos superiores del crucero.
La bóveda es de cañón de medio punto, estilo colonial mexicano, cuatro ventanas iluminan el interior, una de ellas es un vitral elaborado por el artesano de la Magdalena Sr. Carlos Bravo Rojas. La cúpula tiene forma de media naranja o parábola con molduras, balaustrada y linternilla con su remate ovalado con cruz, todo sostenido por arcos de concreto armado que descansan sobre pilastras de orden toscano. En el sotocoro la bóveda es de aristas.
La fachada principal esta cubierta con losetas de tezontle incluyendo la planta de la torre, a esta última se le agregaron ornamentos denticulares o adarajas. La entrada principal de diseño clásico, con pilastras toscanas acanaladas a los lados y frontón de remate triangular en cuyo tímpano ostenta la Santa Cruz, obteniendo una concordancia estética bien lograda que reduce las antiguas construcciones religiosas coloniales.
La torre campanario es de planta cuadrada de dos cuerpos. En el primer cubo su diseño es autentico, lineamiento que se siguió en el acabado del segundo. Posee cuatro campanas de los años de 1820, 1849, 1948 y 1966.
El altar mayor es de cantera labrada, de perfil clásico propio de los siglos XVIII-XIX, con remate curvo abocinado en cuyo tímpano ostenta un querubín que simboliza la presencia de Dios, a los lados tiene cuatro columnas acanaladas de orden corintio, en el centro un nicho principal para la santa patrona.
Existen además algunas esculturas de santos, verdaderas joyas del arte virreinal como San Antonio de Padua, San Lorenzo Mártir, San Pablo Apóstol talladas en madera estofada, un juego de imágenes de Cristo como Señor de la Cañita, Jesús Nazareno y Santo Entierro, estos dos articulados propios para los días Santos; Santa María Magdalena, Virgen María Dolorosa y San Juan Apóstol talladas en madera, San Nicolás Tolentino hecho en pasta de caña, entre otras.
