El conjunto está formado por un atrio de regulares dimensiones, la pequeña capilla con una superficie no mayor a 100 m², la torre del lado izquierdo formada por dos cuerpos y la sacristía con techo de bóveda de cañón, remetida del lado derecho de la fachada.
La fachada del templo está compuesta por una portada con diferentes elementos: en su parte baja, con acceso en arco de medio punto y moldurado, tiene un tablero con pares de columnas circulares adosadas al muro, sobre las que descansa la cornisa, a partir de la que se inicia el tablero superior con dos pilastras que terminan en pináculo. El remate es un frontón semicircular con una cornisa, bajo la que se encuentra un pequeño nicho y pináculos que flanquean la base cuadrangular de la cruz.
La torre, de base cuadrada, descansa sobre una falsa balaustrada sin terminar y presenta en cada uno de los planos de cada cuerpo vanos con arco de medio punto y cornisa superior, que termina en pináculos en cada esquina y el cupulín semiesférico con la cruz.
El interior, de una sola planta, está cubierto con tres bóvedas de casquete circular y decoraciones neoclásicas recientemente remozadas.
La relación de Tepoztlán dice: "es la segunda estancia de las seis y está hacia el oriente de esta villa, dice llamarse Amatlán porque en tiempos antiguos tenían allí un ídolo que adoraban que llamaban Amatecatl y que reconocía vasallaje al Tepuztla diablo". Esto parece indicar que, a pesar de ser cabecera, no fue congregado como pueblo sino hasta que la presencia de sitios arqueológicos y la tradición le dieron el carácter religioso y que le dio la importancia para los dominicos. La construcción actual muestra una arquitectura del barroco popular, posiblemente del siglo XVII.
Nota: los encargados del inmueble se negaron rotundamente a permitir que se continuara tomando fotos del interior del templo, argumentando que en fecha reciente el "gobierno" publicó en una revista que la remodelación del inmueble fue realizada por ellos, cuando todas las mejoras que se le han hecho han sido cooperación de sus habitantes. Razón por la que están muy molestos, porque cuando han solicitado ayuda no se les ha atendido.
