Santiago Chilixtlahuaca fue una población prehispánica que sobrevivió a la conquista; este lugar pertenece al distrito de Huajuapan, donde se establecieron los frailes dominicos y fundaron rápidamente muchos templos, llegando a dominar totalmente la Mixteca de Oaxaca.
Esta construcción es posterior, posiblemente del siglo XVIII.
Su planta es de cruz latina, cubierta con bóveda de cañón con lunetos, una cúpula de media naranja sobre el crucero y otra más pequeña en el bautisterio.
La portada es de estilo barroco, desarrollada en dos cuerpos. Al centro del primero, el acceso de medio punto está flanqueado por pilastras apoyadas en altos basamentos que sostienen la peana, cornisa que lo separa del segundo. La ventana coral, seguida de un nicho sin escultura con cartela en la parte superior, presenta un remate escalonado en forma ascendente que termina en un frontón curvo.
Tiene una sola torre, compuesta de basamento y campanario de dos cuerpos, rematados con cupulín fechado en 1955.
