El establecimiento original corresponde al siglo XVI cuando algunos pueblos políticamente subordinados a Huajuapan, pertenecían a parroquias cuyo centro estaba en otra jurisdicción adyacente.
Santiago Ayuquililla era visitado desde chila.
Posteriormente, en el siglo XVIII se edifica este templo que presenta una portada neoclásica y conserva de entre sus esculturas, una de San Pedro Mártir del siglo XVIII de madera con ojos de vidrio.
Al lado norte de la portada se levanta una elevada torre-campanario con dos cuerpos de diversas formas; el primero de planta cuadrada, y el segundo cilíndrico aloja en su interior un reloj.
