Juxtlahuaca está ubicada en la escabrosa zona de la Mixteca Baja.
Según la relación de 1777, se encontraba originalmente en la cima de un cerro al este de su ubicación actual. Fue trasladada, presumiblemente por los dominicos en la década de 1550, a la llanura de abajo y, nuevamente, en 1633 la cabecera fue desplazada doce o catorce cuadras hacia el norte, hasta su emplazamiento definitivo.
El Templo de Santiago de Juxtlahuaca, que se conserva hasta nuestros días, ha tenido diversas intervenciones, conservando de su partido original la planta de tres naves, con el presbiterio sobre un podio y de menor anchura que la nave central. En épocas posteriores se le fueron anexando las capillas laterales y el nártex con campanario, que precede a la portada.
