El pueblo de Santiago Amatlán se localiza al norte de la cabecera distrital de Nochixtlán. El templo, que se conserva hasta nuestros días, ha sido afectado en su estructura por los constantes sismos que azotan la región.
Su planta es de cruz latina, con presbiterio y transeptos de planta circular. Inicialmente estuvo cubierto con bóveda de cañón corrido sobre la cornisa perimetral; ahora, con un aumento en el muro donde se localizan las ventanas, se apoya la techumbre a dos aguas, con armaduras de madera y lámina acanalada.
Dos torres flanquean la portada: la más antigua es la del lado norte y ya no conserva el campanario; la del lado sur es más reciente y tiene campanario de un cuerpo. Dentro del atrio se ubica un portal construido con columnas de concreto armado, en donde se colocaron las campanas: la mayor está fechada en 1761 y dos esquilas, en 1845 y 1871.
En la portada se usaron elementos clásicos y está desarrollada en dos cuerpos, fechados en 1924 y 1925, y un frontón triangular, fechado en 1926, como remate.
Al centro del primer cuerpo tiene el acceso con un arco ojival, flanqueado por pilastras pareadas; se repite el esquema en el segundo cuerpo, con la ventana coral al centro y un nicho en cada intercolumnio.
Anexa a la fachada sur se conservan las ruinas de la que debió haber sido casa cural, con una arcada de cantera en la portería y muros de adobe en los otros locales.
