La población de Atapan fue congregada por los frailes de la orden de San Francisco en el siglo XVI, cuyos miembros fundaron un edificio religioso que aún conserva parte de sus características originales que se evidencian en la magnífica volumetría de la portada principal.
Durante la regularización de Bienes Nacionalizados, el edificio sufrió agresiones similares a todos los de su género, la inspección de Hacienda de septiembre de 1921 en el expediente 174, dice: "...En la plaza principal del pueblo de Atapan. - Dos mil metros cuadrados. - Por el Ote.- calle en medio; por el Norte, calle en medio; por el Pte. calle en medio; y por el sur con Vicente Ruíz...". Un año después el 9 de febrero de 1922 el informe del Presidente Municipal agrega: "...-2000 m2 - 5,000.00 valor...". En ese entonces, a decir de los informantes el templo parroquial se encontraba anexo la casa cural y tenía un valor estimativo de 2,000.00, incluyendo anexidades.
El año de 1936 el inspector de Educación Federal del Estado pidió a Bienes Nacionales el curato para construir en él una escuela federal mixta; poniéndose como condicionante que se hagan las reparaciones urgentes; el visitador de Hacienda ordenó a la Subalterna "...entregar la casa cural que se destinó a la SEP, bajo el entendido de que esa dependencia le hará las mejoras. El plazo extendido es de 60 días para su utilización y uso asignado, en caso de distraerse el mismo, lo recogerá la Sría. de Hda..." se indica establecer en él la escuela rural federal. Las agresiones no se detuvieron ahí, en agosto de 1939, el inspector de la Secretaría de Educación Pública dice que el Jefe de Tenencia repartió un predio frente al templo y la huerta de la escuela, así como parte de esta a dichos vecinos, y son Bienes de la Nación. Estas propiedades son lo que fue la casa cural, otorgada para escuela. "...Los vecinos, que recibieron parcelas de 1 m. de frente por 20 de fondo los vendieron a otros, y ahora resulta que solo cuatro o cinco son dueños de los predios...". Sin embargo, no logró hacerse la inspección ya que el empleado de Hacienda pidió recursos para ir al lugar que estaba muy retirado.
A fines de ese mismo año, dicha Secretaría pide a los compradores del terreno que circunda el templo que la operación es ilegal y que lo desocupen.
Es obvio que no se hizo caso y los predios estuvieron siendo usufructuados por los vecinos ante el disgusto de las autoridades hacendarias que reclamaron el pago de las rentas, en 1940 el subalterno de Hacienda, dice que Vicente Viveros, presidente de la Junta Vecinal y "...encargado de la huerta anexa al templo parroquial, nada ha informado de los productos obtenidos... y se aproxima la 2ª cosecha de cafe, [pide instrucciones] para comisionar a otra [persona] que garantice lo que se obtenga...". Al parecer la escuela estuvo funcionando en el antiguo claustro ya que en febrero de 1941 el Director de la escuela dice que la gente azuzada por el Párroco y C. Macedonio Andrade, Jefe de la Defensa Social del pueblo, ejercen "...una insostenible presión contra el personal docente... para quitar a toda costa el plantel educativo... Por falta de garantías... por haberse llevado a cabo un tumulto de mujeres... a la cabeza el Sr. Jefe de lar armas de la reserva, cuyo grupo insultó soezmente y amenazó peligrosametne a los maestros..." por lo tanto y en "...previsión de mayores males, abrevie la intervención fiscal del edificio..." agregando que se reubicaron. Ese mismo año, los veci nos católicos pretenden retomar el control del edificio tomando como primera medida el cambio de la Junta Vecinal porque la primera efectuó venta de fracciones de la huerta que ya fueron nulificadas; la Secretaría de Hacienda ordena entregar cuentas del producto de la huerta, y desde el 2 de mayo de 1941 se empieza a avisar de la venta del café: "...1 peso por el corte de 85 kilos de café en cereza... 2 pesos por 42.5 kg. y medio..."; los ocupantes del predio entregaron la cosecha en especie a la Dependencia que informa que no sabe qué hacer con el café y un mes después se había vendido en subasta pública. Poco tiempo después se pide una solicitud para usar el terreno con fines deportivos que el Jefe de Hacienda vió con buenos ojos: "...En cuanto a la solicitud del Club Deportivo Cristóbal Colón, creo... que debe accederse a su petición, ya que la instalación de aparatos no perjudicaría en nada al Atrio Parroquial, o sea el Cementerio, por encontrarse sin ningún uso... opina sobre la conveniencia de cederse para fines deportivos...".
En 1943 continuaba la explotación de café de la huerta del templo, subastándose el producto por Hacienda al mejor postor; sin embargo se informa lo siguiente: "...los terrenos se encuentran desocupados... sus ocupantes fueron desalojados... que se lleve el mayor control de estos predios... que no se saca... aprovechamiento de los mismos, pues el cementerio se encuentra sembrado de caña... por la comunidad indígena quien parte da parte de la cosecha a la iglesia, que es destinada para las reparaciones de la misma; la huerta... es explotada por la misma comunidad y la ex-casa cural... ocupada por el Sr. David Guerrero que se dice vigilante de la misma..."; al ver el Jefe de Hacienda que los recursos eran entregados a la iglesia recomienda arrendar la huerta o sacarla a remate.
En noviembre de 1943 Bienes Nacionales nombra a Magdalena Iglesia como encargada de los anexos que al arrendarse deberá ella devolver. "...como están desocupados, no tiene más que tomar posesión de ellos..." mientras la Subalterna de Hacienda seguía sin pagar los gastos realizados en 1942 por levantar la cosecha de café, del huerto anexo al templo de Atapan, en 1950 todavía se insiste en que la Dependencia pague dichos gastos, seguramente el reclamante se hartó, o falleció, o simplemente desistió de la burocracia kafkiana de la Secretaría de Hacienda.
El actual conjunto adolece del espacio que conformó el conjunto original, cuya máxima agresión se presentó en nuestro siglo, en que el terreno ha sufrido paulatinas invasiones, el atrio que una vez fue cementerio sufrió una merma importante de su espacio inicial, perdiéndose la cruz atrial que debió estar en su centro, actualmente presenta de frente a la nave un andador hecho a base de mosaico de pasta que subre cuatro escalones de peralte irregular hacia la reducida plazuela que funge como vestíbulo exterior.
La fachada está conformada por un paramento liso con un remate superior de diseño mixtilíneo que denota su reciente factura, siendo testigo de una cercana remodelación, dispersos en el paramento están los símbolos del sol y la luna propios de la orden franciscana, así como dos pequeñas veneras talladas en cantera. La portada al centro del paño liso, constituye un ejemplo de las primitivas creaciones de la época de la evangelización, por su acceso de arco en medio punto de grandes dovelas que descansa sobre columnas de gruesas jambas monolíticas con capiteles decorados con pomas isabelinas. En las cuadradas basas corre a todo lo ancho el cordón de la orden de los descalzos. Un alfiz rodea dicho arco cuyo plano interior fue recubierto de laja de cantera en petatillo. Sobre él descansa una ventana rectangular que fue construida hace poco tiempo. Dos pilastras refuerzan las esquinas coronándose con ánforas piramidales.
La torre no existe y el campanario consistía en un árbol del que pendía la campana, mismo que fue derribado.
La nave actualmente tiene crucero, aunque en sus inicios fue de planta rasa rectangular con ábside plano, varias ventanas y manguetes unos de madera y otros metálicos iluminan adecuadamente el interior. El piso es de mosaico y en la parte del altar es de mármol, sube dos escalones hacia el presbiterio en donde se encuentra un arco que vestibula la parte del muro absidal seccionando el presbiterio y fungiendo como altar en cuya parte superior se abre un vano de cantera labrada en forma rectangular que alberga al Apóstol Santiago. El acceso al antiguo curato conserva aún su portada de piedra con arcos de medio punto, que ha quedado mordido parcialmente por el muro a que hacemos alusión.
Los cruceros son recientes, en ellos se ubican dos altares de piedra; uno alberga al Santo Entierro y sobre el otro se encuentra un lienzo guadalupano y una pila bautismal del siglo XIX.
La cubierta es de vigas sobre canes labrados y tablado superior, encima del cual desplanta la estructura de madera que constituye el techo de la nave recubierto de teja.
