La localidad de Santiago Pinotepa Nacional se menciona en Relaciones Geográficas del siglo XVIII con el nombre de Pinotepa del Rey y, en el periodo independiente, se la conoce como Pinotepa del Estado. En una descripción hecha en la segunda mitad del siglo XIX se dice del conjunto religioso: “Tiene un templo de mampostería con techos de teja, de orden arquitectónico común, pero muy espacioso y de una sola nave. Una casa curatal a corta distancia del templo con corredor exterior y con pilares de mampostería, y todo el edificio es de adobe y teja”. Desafortunadamente este edificio fue destruido por los frecuentes sismos que se presentan en la región y, en su lugar, se levantó un nuevo templo en la primera mitad del siglo XX. El emplazamiento se hizo en medio de una extensa planicie natural, conformando junto con la plaza y el edificio del ayuntamiento el núcleo urbano. Del templo original solo se conserva el frontispicio y el baptisterio. El templo moderno está dispuesto de la misma manera que el anterior, sobre un eje oriente-poniente, a partir del segundo tramo de la nave primitiva.
El primer imafronte está compuesto por la portada de un cuerpo, con el acceso principal con arco de medio punto enmarcado con jambas; sobre este se desplanta un arco de medio punto que soporta un cuerpo cuadrangular con remate mixtilíneo, que en la actualidad aloja un reloj.
La portada está contenida por los robustos basamentos de las torres de planta cuadrangular, rematados en la parte superior por una banda de cornisa. Los campanarios son de un cuerpo, con tambor cuadrangular y cupulín de media naranja con linternilla ciega como base de una cruz. La ornamentación de estos cuerpos se logra con medias cañas sobre pilastras que sobresalen del paramento en cada una de las caras y que, junto con la doble banda de cornisas, generan una vibración visual característica del periodo barroco, aunque expresada en forma moderada.
En el paramento sur se localiza el baptisterio, de planta octagonal y paramentos lisos rematados por una cornisa y un pretil ondulado. La cubierta es una cúpula semiesférica con nervaduras que definen gajos y rematan en un copón. El acceso se hace desde el atrio a través de un vano cerrado por un arco rebajado, flanqueado por basas cuadradas, medias muestras de fuste liso y capitel dórico que soporta un entablamento.
El sistema constructivo empleado es de mampostería de piedra y tabique de arcilla, unidos con mezcla de cal-arena y un recubrimiento con aplanados a la cal. La cubierta fue de estructura de madera a dos aguas —de acuerdo con vestigios que se observan en la parte posterior del imafronte— y recubrimiento con tejas de arcilla.
El templo moderno es de planta basilical, con siete entrejes y presbiterio semicilíndrico. El imafronte mantiene dimensiones similares a las del anterior, con un par de vanos de acceso con arcos de medio punto en saledizo, apoyados en esbeltas columnas sobre basas cuadradas. A ambos costados están las torres con campanarios definidos por una estructura de marcos de concreto con vanos agrupados en tres para cada una de las caras. La cubierta es una losa plana.
La composición de las fachadas laterales está dada en forma sencilla por las pilastras de concreto, que definen seis tableros con cuatro ventanales de iluminación en cada uno y el acceso lateral en el cuarto tramo, todos con arco de medio punto. La cubierta es plana sobre las naves laterales y a dos aguas en la nave central, fabricadas de concreto armado.
En la parte norte del templo existe una construcción que aloja la sacristía y el curato, que corresponde con la descripción del siglo XIX, sobre un área a cielo abierto, actualmente invadida por algunos locales comerciales. Los muros son de adobe; tiene un portal perimetral con columnas estriadas y la cubierta con estructura de vigas y morillos de madera, con recubrimiento de teja.
