El templo, de planta basilical de tres naves, está dispuesto sobre un eje longitudinal de norte a sur, con trece entre ejes divididos por columnas que delimitan el espacio de la nave central, y los arcos formeros con los muros laterales dan lugar a las naves laterales.
Este espacio carece de una de las arcadas, pues al paso del tiempo sufrió deterioros hasta su destrucción total; en la actualidad está sin techumbre.
En forma perpendicular y con un espacio común que funciona como capilla, se localiza un templo de una sola nave cuya disposición está en un eje que corre de poniente a oriente. Presenta un acceso lateral localizado en la parte norte, casi transponiendo el primer entre eje, que lo ocupa la zona del sotocoro.
El acceso principal, localizado hacia la parte poniente, está, al igual que el otro del lado norte, sin puertas; únicamente está el vano que da entrada a este espacio, que de igual manera quedó sin completar y corresponde al sotocoro y al coro.
Se notan únicamente los arranques que dan comienzo a partir de las consolas de trazo circular, donde aparecen las dovelas del perfil peraltado que iban a ser soporte de la bóveda. También está el puro vestigio de la forma que iba a soportar el coro alto; de igual manera, se aprecian los arranques en las esquinas y en las ménsulas de la serie de nervaduras que darían forma a la cubierta de la bóveda del coro y a la cubierta propiamente dicha de la nave. Estos trabajos nunca fueron concluidos desde la fabricación del conjunto conventual.
Existe una zona entre las capillas del templo basilical y la zona del convento que está cubierta por una cúpula de tambor circular, que sigue el casquete semiesférico en el domo, y una más de trazo rebajado que da cubierta a una parte de la nave.
Como este espacio está inconcluso, la zona que está cubierta se delimitó por un muro que une a los dos laterales y se abre un vano que da acceso a este espacio. El muro llega a la línea de la imposta, donde termina su construcción y da comienzo a un gran ventanal que sigue el trazo del arco que soporta a este elemento estructural.
En el interior de la nave se encuentran vestigios de lo que fue un retablo localizado en el muro testero. En el interior de la nave se localiza la tumba de la leyenda de la princesa Donayi. El pavimento que se encuentra en el interior de la nave es a base de loseta cuadrada y rectangular de cantera verde, siguiendo el diseño de enmarcar la zona central y delimitar visualmente el espacio.
Todo el conjunto conventual guarda una relación estrecha en su composición y es muy característico el empleo del contrafuerte de trazo diagonal, que se empleó por la orden predicadora, que fueron los dominicos, a quienes, por razones de la evangelización, se les asignó este sitio hacia 1565.
Existe una gran cantidad de pintura mural en el interior del exconvento, de lo denominado grisalla, enmarcando con el árbol genealógico de Santo Domingo de Guzmán, así como diferentes escudos de la misma orden.
