La ranchería de Santo Domingo Amatlán se sitúa sobre una pequeña meseta entre las colinas de la sierra de Miahuatlán, a unos 18 km al oriente del valle. Como dato histórico, sabemos que en 1800 cambió de sitio para ocupar el que actualmente tiene.
La capilla se encuentra emplazada al centro del caserío; su planta es rectangular, de una sola nave dispuesta en sentido oriente-poniente, y tiene una pequeña sacristía al lado norte. Sobre la fachada principal, que mira hacia el poniente, aparece únicamente el vano de la puerta, con un arco mixtilíneo y un marco liso conformado por jambas sobre base cuadrada y una especie de alfiz con cornisa de remate. Esta sencilla portada se desplanta sobre una escalinata de acceso. El remate del edificio sigue el perfil de la techumbre a dos aguas, con salientes en los extremos y al centro, como base de una cruz. La fachada de la capilla muestra algunos restos de pintura en color rojo sobre el guardapolvo y las jambas; el resto está encalado.
Los demás paramentos del inmueble dejan a la vista los componentes de su sistema constructivo: mampostería de adobe sobre cimiento de piedra en los muros y contrafuertes. La techumbre está construida en madera y recubierta de tejas de barro. En el costado sur se han adosado contrafuertes de piedra para asegurar la estabilidad estructural del inmueble, amenazada por el desgaste de los muros y la acción de los frecuentes sismos que ocurren en la región.
El interior de la capilla es un espacio de poca profundidad que se halla en penumbra, pues toda la iluminación natural se hace por el vano de la puerta. Los paños de los muros son lisos y están aplanados y pintados a la cal. La separación entre el presbiterio y la nave se marca con gruesas pilastras laterales, un cambio en el nivel de piso y una barandilla de madera. La cubierta es a base de vigas madrinas que se apoyan directamente en los muros y en las pilastras, a manera de tirantes, con un pendolón al centro que recibe una viga secundaria sobre la que descansan los morillos inclinados. Al fondo del presbiterio está el altar; contra el muro testero hay una plataforma escalonada sobre un zócalo de piedra, con esculturas de distintos tamaños (la del centro es la imagen de Santo Domingo de Guzmán, patrono de la capilla, que está colocada dentro de una vitrina).
