Por el tipo de piedra labrada y por la superposición de decoraciones, podemos pensar en dos periodos intensivos de construcción en el monasterio durante el siglo XVI. El primero debió corresponder a los impulsos que el marqués del Valle de Oaxaca, Hernán Cortés, hace para cumplir con la Iglesia.
El claustro es de dos plantas, notable por sus pinturas murales y los trabajos de cantería tanto en el interior como en el exterior de los muros. Recientes restauraciones han dejado al descubierto la importancia del conjunto. La fachada del templo llama la atención por el hueco circular que no fue ocupado por el probable rosetón; los contrafuertes frontales tienen el tipo de tajamar y las minúsculas torrecillas añadidas dejan espacio al pensamiento, sobre los restos de la torre desplantada en la esquina noroeste. Una portada norte sencilla también sigue el esquema de las puertas laterales, que algunos quieren identificar con las porciúnculas, tal vez como residuos de los tiempos en que los sacerdotes pagaban con indulgencias algunos servicios especiales.
