La segunda mitad del siglo XIX se constituyó en una de las épocas de mayor auge en la construcción de capillas, particularmente en la zona de la ciudad conocida como Barrio Arriba, o de manera popular como "El Barrio". El pequeño templo del Santo Niño Perdido es uno de esos esfuerzos constructivos, reflejo de la expansión territorial de la ciudad de León hacia esa zona inmediata, quien, además, posee una interesante causa para su edificación.
Sobre este edificio, Maricruz Labarthe, en su obra León entre dos inundaciones (Guanajuato, 1997), menciona: "...El templo del Santo Niño Perdido se erigió entre 1856 y 1859 con la colaboración de varios vecinos y como desagravio a raíz de un robo sacrílego en el templo del Señor de la Salud. Unos veinte años después se construyeron sus bóvedas y una pequeña cúpula, se le puso piso de mosaico y se decoró el interior."
Mientras tanto, una placa en la fachada principal informa: "Dic. 30 de 1852. Dic. 30 de 1952. Primer centenario del robo sacrílego de las sagradas especies del templo principal del Barrio y enterrados en un estercolero, lugar donde se yergue este Templo del Santo Niño. Habiéndose encontrado las sagradas formas el 6 de enero de 1853. Primer centenario el 6 de enero de 1953."
La planta del edificio es una sola nave dividida en cuatro tramos, de los que el último cumple funciones de presbiterio; todos estos espacios están cubiertos por bóvedas de pañuelo, salvo el último, donde se levanta una modesta cúpula desarrollada desde un tambor circular articulado por ocho vanos de medio punto y pilastras tableradas en su intradós. Sobre este elemento corre la media naranja de casquete esférico, que se remata por una linternilla con medias muestras toscanas.
La fachada principal es un gran paño que se encuentra dividido en tres grandes calles por altas pilastras toscanas de fuste liso, mismas que organizan tres arcos de medio punto con jambas almohadilladas, cuyo diseño se prolonga más allá de las impostas para señalar también las dovelas de los arcos. El arco de la calle central alberga, además, el acceso principal y la ventana coral, ambas terminadas con sendos arcos escarzanos.
Remata este cuerpo una bella espadaña compuesta por tres arcos iguales de medio punto, que se flanquean en su conjunto por dos pilastras almohadilladas al lado de sendos roleos neoclásicos, al tiempo que sobre ellos campea un frontón curvo que, en la parte central, se rompe para contener una peana con una pequeña cruz.
