Se sabe que en 1522 fray de Bolonia erigió en Moyahua una capilla, que después se convirtió en parroquia en 1814, para posteriormente consagrarse como santuario en 1964. Se conmemora a santo Santiago, según cuenta la leyenda, por poner fin a la famosa batalla del cerro Mixtón en 1540, entre españoles e indios chichimecas. Cabría destacar que es una advocación española que nace a partir de la batalla de Clavijo, cuando a Ramiro I se le apareció en sueños. Dicha victoria se le atribuyó al apóstol Santiago, por lo que, a partir de esta fecha, se le empezó a representar en un caballo con una espada. Años posteriores se le atribuyeron distintos triunfos, reforzando el culto al mismo en la forma de la advocación de Santiago Matamoros. En América se transformó a Mataindios, al ser invocado por los españoles en contra de los indígenas.
El día en que se celebra la festividad se hace una interpretación de la batalla, donde los tastuanes, que representan a los indígenas, luchan contra Santiago, que encarna a los españoles. La fiesta dura tres días y se inicia el 24 de julio con una peregrinación que marcha al atrio de la iglesia, donde los espera el párroco, quien recibe la imagen de Santiago Apóstol y la lleva al interior del templo. La imagen se conserva en el interior de la iglesia, sobre el nicho dedicatorio, dentro de una caja de acrílico en el altar mayor. El retablo, de estilo ecléctico inspirado en el barroco, sobre el cual se coloca la imagen, se configura por un cuerpo y tres calles. Resguarda en los nichos laterales ochavados una advocación mariana y a san José con el Niño.
La planta del templo es de cruz latina; su nave se coloca a lo largo del eje noroeste-sureste. La fachada principal se sitúa al noroeste, algo poco común en los templos católicos. A su derecha se encuentra la torre campanario de tres cuerpos. Actualmente, la casa parroquial se conecta a la parroquia a través del anexo que se encuentra ubicado al lado del ábside, utilizándose una parte como sacristía.
Por el estado y configuración estética del frontispicio, se intuye que pertenece a principios del siglo XX. La portada de cantera se compone de un acceso de medio punto flanqueado por pilastras con capiteles estriados que sostienen una cornisa, donde se apoyan unos florones. La ventana del coro cuenta con un enmarcamiento pétreo, donde, al centro, entre esta y el imafronte, se ha colocado un tipo de chapitel esculpido con la imagen de Santiago Matamoros y la fecha en que se consagró como santuario.
La cubierta de la nave está resuelta a partir de bóvedas de pañuelo, mientras que las de las naves cruceras son de arista. El cerramiento del crucero se cubre por una cúpula con tambor y linternilla. Los plementos exteriores están decorados en mosaico blanco y azul, dispuestos a modo de cruz griega. Las ventanas del tambor, decoradas por vitrales, y los vanos abocinados de los muros de la nave principal introducen una tenue iluminación natural.
El interior, tanto muros como bóvedas y cúpula, está decorado por listones con figuras geométricas que le dan un toque lujoso, a modo del gusto local. El acabado del piso está terminado en piezas de mármol en tonalidades rosas y blancas. Todo lo anteriormente descrito indica que el templo cuenta con la atención de la comunidad y recursos para mantener en muy buen estado el templo.
