Esta particular capilla corresponde a una dependencia perteneciente al conjunto de la hacienda Molino de Flores, en la sección sureste del casco antiguo. Su construcción data del siglo XIX y fue mandada edificar por el señor Miguel de Cervantes y Velasco. Actualmente, es el elemento arquitectónico, cultural y religioso más importante del casco de la Ex-Hacienda. Arquitectónicamente, su disposición es un ejemplo de capilla abierta, acompañada de un entorno paisajístico único, dado que fue construida en una de las paredes del río Coxcacoacoz, en una parte donde este se abre formando un enorme vado.
Si bien la placa que aparece en la entrada a la capilla asevera que el estilo predominante es el "gótico", nosotros diferimos y le atribuimos un estilo "ecléctico" que reúne varios estilos, en donde destaca, a nuestro juicio, más bien el aspecto de capilla tipo islámica, dada la múltiple presencia de arcos y columnas, a la manera, es cierto, de las capillas abiertas, pero dispuestas como seguramente lo fue la capilla de Naturales del ex convento de San Francisco de México (hoy desaparecida) o la Capilla Real de Cholula, la cual sí subsiste hasta nuestros días, constituyéndose como un ejemplo estupendo de los espacios resueltos de manera hipóstila. Igualmente, la ornamentación es muy variada, lo cual acentúa su aspecto ecléctico.
En el interior, cabe hacer mención de la presencia del monumento sepulcral del señor don Miguel Jerónimo López de Peralta. Este señor, a decir del monumento, fue "maestrante de la real de ronda, formó el acta de Independencia de México, capitán de guardias del emperador Iturbide, gran cruz de la Imperial Orden de Guadalupe, general de brigada, consejero de Estado, senador, diputado, gobernador, alcalde, recibidor y notable".
En cuanto al aspecto religioso, observamos que la tradición dice que la construcción de la capilla del Señor de la Presa se debió a la aparición milagrosa del Cristo que se ubica sobre la roca, imagen iconográfica que goza de gran aceptación y reconocimiento entre los creyentes de la región, Estado de México y otros estados del país, por los milagros concedidos.
Su fachada está integrada por tres cuerpos con estilos diferentes. Se encuentran representados los doce apóstoles y los cuatro evangelistas. En la parte superior, ostenta un triple campanario (espadaña), conformando así un estilo arquitectónico del tipo "barroco popular", aunque realizado en pleno período ecléctico.
El panteón familiar se encuentra ubicado a la salida de la capilla, a mano izquierda. Los marqueses de Salvatierra lo construyeron acorde a la tradición de colocar el cementerio en el atrio del templo o campo santo. Es una especie de cripta simbólica empotrada a la pared de la roca, integrada por una fachada de tres arcos y un frontón triangular que, en su parte superior, ostenta el escudo de armas de los Salvatierra, forjado en hierro. En las paredes de la roca se observan lápidas con nombres de personajes relacionados con los dueños de la hacienda en diferentes etapas de su historia. En la parte interior de la cúpula del cementerio se encuentra un fresco que representa la Resurrección de Cristo.
