La capilla del Señor del Agua es una antigua fundación que posiblemente data del último tercio del siglo XVII, de acuerdo con las características formales que es posible observar en la capilla original. El origen de la advocación remite a una leyenda que cuenta que el donante era un aguador de los minerales cercanos, quien regaló la imagen y costeó la capilla para su veneración.
Durante el transcurso de la segunda mitad del siglo XIX, una de las épocas de mayor auge económico de Marfil, uno de los lugareños tomó la consigna de ampliar la pequeña capilla, que era insuficiente para dar cabida a la gran cantidad de feligreses. Por ello, amplió los límites de la nave, levantando nuevos muros y ornamentándolos con el arraigado gusto neogótico de la época.
Poco tiempo después, la minería sufrió una grave caída que ocasionó el casi total abandono del Real de Marfil, por lo que la obra nueva se suspendió y la vieja capilla fue deteriorándose a tal grado que, en el segundo tercio del siglo XX, perdió la techumbre original de viguería y la imagen del Señor del Agua fue trasladada a la parroquia del barrio, donde permaneció hasta que, por iniciativa de los vecinos, la antigua capilla fue reconstruida en 1986 y reabierta al culto en 1992.
La planta de la capilla original acusa lo temprano de su construcción, puesto que está formada por una sola nave con ábside ochavado, característica de las primeras edificaciones religiosas del virreinato. Toda la nave está cubierta con una viguería de madera que fue colocada durante la restauración de 1986, atendiendo al sistema constructivo original, lo que fue un excelente acierto en cuanto al criterio de conservación, que no podemos dejar de señalar.
Frente al espacio de la capilla se levantan los muros de la ampliación del siglo XIX, donde se distingue una sola nave dividida en cuatro, que carecen completamente de cubiertas. En cuanto a la fachada de la capilla original, contiene una portada de manufactura reciente, formada por dos cuerpos, donde el primero presenta pilastras tableradas a ambos lados del arco de acceso en medio punto. Del mismo modo, presenta una espadaña de dos cuerpos, levantada hace no más de siete años.
La fachada inconclusa de la nave ampliada presenta dos grandes machones exteriores que flanquean el bloque de la portada, compuesta por un solo cuerpo, donde se observa un gran arco ojival como acceso, mientras que dos grupos de apoyos pareados (haces de baquetones) acompañan la composición junto con esbeltas pilastras tableradas. La capilla depende canónicamente de la Parroquia de San José y la Purísima Concepción de Marfil.
