En el siglo XVI, a la muerte del encomendero de Taximaroa, Gonzalo de Salazar, su encomienda pasaría a manos de su hijo, don Juan Velázquez de Salazar, aunque ya disgregada.
Una parte se había dado a don Alonso de Peñeranda y Bracamonte. La administración de su encomienda dio un rendimiento menor a sus gastos, por lo que pidió autorización al virrey don Luis de Velasco para vender las tierras de lo que hoy es Jaripeo y Magallanes.
Estas últimas, junto con otras más que formaban parte de la encomienda, fueron pasando a manos de diferentes propietarios hasta ser fraccionadas por el ejido. En 1675 era dueño de la hacienda el capitán Manuel de Orozco y Cervantes, abuelo de la condesa de Miravalle.
En el siglo XVII se registra una hacienda de minas cerca de Tlalpujahua que pertenecía a Gaspar de Magallanes Lobato; pensamos que se trata de la misma.
En 1808, en el Archivo de la Nación, se encuentra un litigio entre el dueño de la hacienda de Jaripeo y don Manuel Hidalgo y Costilla sobre la propiedad del sitio de Huaniqueo; en el documento se cita a la hacienda de Magallanes.
En 1704 existe un documento que habla de un litigio entre el dueño de Jaripeo y Matías de Magallanes, uno de los hermanos propietarios de la hacienda con ese nombre, sobre la propiedad de tierras ubicadas junto al pueblo de San Lucas.
Durante los conflictos de la guerra de Independencia, el cura Hidalgo, buen amigo del párroco de Taximaroa, el bachiller Antonio Velarde, conspiró con él para guardar armas, consistentes en pólvora, parque y explosivos, en la hacienda de Magallanes. La monografía nos dice que las escondieron en el piso, dentro de una estructura de material.
Actualmente, lo que fue la importante hacienda de Magallanes, que tantos momentos históricos guarda entre sus muros, es apenas la sombra de lo que fue; como atrio se conserva una plazuela despejada, sin vegetación ni elementos que identifiquen su relevancia.
La fachada es sencilla: consiste en un simple muro ciego con un acceso rectangular sin ningún interés artístico, a cuyos lados se encuentran dos perforaciones circulares simétricas que no sabemos para qué hayan sido utilizadas. Sobre el ancho muro se desplanta un segundo nivel de tabique, con pilastras y celosía del mismo material, del cuyo paramento sobresale un volado de madera y teja.
La nave es rectangular; consiste en una corta habitación formada por gruesos muros de piedra. En el fondo se remarca un arco de medio punto que alberga un ara sencilla en forma de mesa, sobre la cual se apoya una hornacina vacía. El piso, que fue de loseta de barro, ahora es de tierra, y la techumbre es de vigas de escasa dimensión sobre arrastres perimetrales. Está recubierta por el interior con mezcla y pintura color azul.
