Tenemos datos de Huaniqueo desde 1540, año en que reportan las crónicas que había estancia de ganado mayor, aunque desconocemos si había capilla en ella. En 1675 era propietario de las haciendas de Huaniqueo, Jaripeo y Santa Rosa el capitán don Manuel Orozco y Cervantes, capitán de la Orden de Caballería y de la Santa Cruzada, y también designado de toda la encomienda de Taximaroa, abuelo de la condesa de Miravalle.
En 1808 se registra a don Antonio Campos como dueño de la Hacienda de Jaripeo en un litigio contra don Manuel Hidalgo y Costilla sobre la propiedad del sitio de Huaniqueo. Esta última fue adquirida por don Miguel Hidalgo y administrada por su hermano. Debido a que el cura de Dolores la visitaba con frecuencia, consideramos que debió tener su propia capilla, como era común en las haciendas.
La encontramos registrada entre los Bienes Inmuebles Federales, sin que exista expediente alguno que nos indique cuándo fue demolida.
de esta importante finca, asentada en un sitio de relevancia prehispánica por los cués que se encuentran en la región y por la presencia del cura Hidalgo en ella, solo restan algunos muros dispersos hechos de piedra y cal, sin que podamos definir entre ellos cuáles pertenecieron a la capilla.
