La capilla de Guadalupe tuvo una advocación diferente a la actual, ya que se trata del antiguo Templo del Hospital, fundado desde el siglo XVI a instancias de la orden franciscana y atribuido al evangelizador de la orden, fray Jacobo Daciano. Como es normal en este género de edificios, las habitaciones del hospital desaparecieron por diversas causas e invasiones del predio, quedando solamente la casa de la Virgen, despojada de su patrona, la Inmaculada Concepción, que fue sustituida por una nueva advocación guadalupana y serias alteraciones en su aspecto arquitectónico.
El atrio se ha reducido al invadirse el predio, quedando al frente un reducido pasillo pavimentado y disfrazado con la bondad de la vegetación.
La fachada consiste en un simple paramento plano recubierto de aplanado blanco, en el que destaca la portada de cantera rosa. El imafronte es triangular, delimitado por una cenefa que conforma la cornisa superior, rematando al centro por una peana piramidal de la que emerge una esbelta cruz. La portada fue modificada en 1897.
El acceso es un arco rebajado de grandes dovelas de extradós moldurado, formando tableros; la clave al centro pende hacia abajo y es indudable que fue recolocada. Las jambas son también tableradas, con profundas canaladuras, y desplantan de altas basas lisas, denotando el conjunto una gran antigüedad y la excelente dirección franciscana en su factura. Dos pequeñas hornacinas con imágenes se ubican en los riñones del arco (seguramente fueron también recolocadas); sobre ellas se extiende el cornisamiento moldurado que sustenta la ventana de medio punto, originaria del siglo XVI.
Esta última se compone de jambas entableradas y dovelas encasetonadas en número de cinco, con veneras a ambos lados y dintel de cornisa moldurada.
Todos los elementos menores demuestran haber sido reubicados sobre el esquema original diseñado por la orden de los franciscanos.
La nave es de un solo cuerpo, de ábside plano; los muros están recubiertos, tanto al interior como al exterior, por aplanado y pintura a la cal. Varias ventanas con marcos de madera iluminan la iglesia de manera adecuada. El piso es de mosaico y sube varios escalones hacia el presbiterio, en el cual se ubica un altar estofado de buena calidad, compuesto por tres calles separadas por columnas estípites de raro diseño que soportan un entablamento mixtilíneo, profusamente moldurado y rematado por una crestería ondulante.
Los nichos soportan a Santa Ana y San Joaquín en los extremos y un lienzo guadalupano al centro, que suple una imagen ya inexistente. Dos cenefas roleadas rematan los paños laterales hacia los muros, surgiendo de la predela en la que ángeles atlantes sirven de apoyo a las estípites. A la derecha de la nave se encuentra el acceso a la sacristía, esta última reducida y sin ornamentos de interés.
El coro, al pie de la nave, se apoya en vigas gruesas desplantadas sobre canes labrados; está delimitado por un barandal de madera torneada. Se ingresa a él mediante una escalera de madera ubicada en el sotocoro.
La techumbre es de vigas planas y tablado, apoyadas sobre doble hilera de canes con tabicas lisas; está recubierta al exterior por estructura de madera de tijera con teja de barro.
