El culto data de 1677 cuando, en un inicio, se veneraba a la Virgen de la Inmaculada Concepción. A partir de 1708 tomó el nombre la Virgen del Rayo, a raíz de la encomienda que de ella hiciera la cofradía del pueblo de Susticacán en el siglo XVIII. Lo que se sabe actualmente sobre el origen de dicha veneración se sustenta en leyendas locales que han subsistido hasta nuestros días.
