La antigua congregación de San Pedro de los Hernández tiene como antecedente inmediato la hacienda agrícola del mismo nombre, que tuvo su apogeo en el segundo tercio del siglo XIX. La hacienda desapareció en este siglo y sus cuadrillas se convirtieron en un pueblecito separado del casco de León, hasta que la expansión urbana de la cabecera municipal terminó por absorberlo, perdiendo su antigua identidad.
La capilla de la Virgen del Refugio fue construida en el segundo tercio del siglo XIX (coincidente con el auge de la Hacienda de San Pedro), como lo puede confirmar la clave del arco toral, donde se inscribió la fecha 1.º de marzo de 1854; además, una lápida interior informa que José María Hernández (posiblemente uno de los familiares de la hacienda) fue el fundador de la capilla, quien murió en el año de 1879.
La planta del edificio es una sola nave que está dividida en tres tramos, de los que el último cumple funciones de presbiterio. Todos los tramos están cubiertos por bóvedas de cañón corrido, siendo particularmente interesante que las ventanas de la nave están horadadas sobre el medio cilindro de las bóvedas, lo que les confiere un derrame de sección cilíndrica. Los tramos de la nave se articulan con estribos que muestran una pilastra toscana que soporta una pequeña cornisa como imposta de la bóveda.
El muro testero cuenta con un sencillo retablo de inspiración neoclásica, compuesto por un solo cuerpo y tres calles, que se desplanta sobre un banco al que se adosó la mesa del altar. Cada una de las calles presenta un arco de medio punto soportado por pilastras de capitel corintio simplificado; los arcos de los extremos son de menores dimensiones que el central, que además presenta una cornisa denticular curvada como remate, así como una pintura del siglo XIX que representa la advocación del templo.
La fachada principal es un gran paño liso que contiene en su centro una pequeña, pero muy correcta, portada neoclásica formada por un cuerpo y la ventana coral exenta sobre él. A ambos lados del arco de medio punto del acceso se colocaron dos pilastras toscanas que sustentan un entablamento de orden dórico, ornamentado con triglifos y metopas, sobre el que corre una gran cornisa volada con plafones de relieves geométricos.
Sobre el lado de la epístola se destaca una alta y elegante torre campanario de concepción clasicista, compuesta por un peraltado cuerpo con vanos de medio punto entre pilastras toscanas por cada una de sus caras, al tiempo que sobre estos corre un balaustrado que sirve de base al remate de la torre, de forma curvada ascendente.
