Este templo formó parte del convento de monjas de Regina Coeli, que fue la segunda fundación concepcionista en la Nueva España. Al pie de la torre se conserva escrita en azulejos la siguiente inscripción:
"Jueves 28 de octubre de 1773 se hizo en/esta iglesia una solemne función en/celebrídad de cumplir 200 años de/fundado este monasterío: pues el añ/o de 1573 binieron a fundarlo las señ/oras religiosas del Real convento da/la Ynmaculada Concepción de esta c/orte y lo confirmo el souerano P/ontífyce Gregorío XIII por su nuncio/apostolico en 9 de junio de 1578.
Varías señoras religiosas de este monasterio han salído a fundar: pry/mero el combento de Regina Coeli de/la ciudad de Oaxaca, el año de 1596/segundo el de San Bernardo de esta/corte el de 1636, tercero de San Mig/uel el grande el de 1756 y se han Hospe/dado en este monasterio las mui/reb/erendas madres fundadoras de san/ta brigida el año de 1743 y las de la enseñanza el de 1743 y las de la enseñanza el de 1753.
El recinto embigado, crujía de azulej/os pintura de los sagrados doctores que estan en las pechínas y blanqueo/por dentro y fuera de esta Yglesía se/hízo el año de 1781 oyendo abada/sa la mui reverenda madre ma/rya augustina de señora santa Anna". (SIC).
No se sabe que el convento gozara de patronos al inicio de su fundación; si existieron, no fueron muy connotados.
A mediados del siglo XVII, se conoce el patronato que tomó Melchor de Terreros, quien con sus donativos costeó la realización de un nuevo templo, el cual se inició el 26 de abril de 1655, y se concluyó el 19 de marzo de 1656.
Hacia 1731 se realiza una nueva obra, gracias a los donativos de Don José Lanciego y Eguilar. La nueva dedicación se efectuó el 13 de septiembre del citado año, en el cual se comienza la capilla de la Inmaculada Concepción, costeada por el bachiller Buenaventura Pledina y Picazo, y dirigida por el arquitecto Miguel Custodio Durán, quien probablemente modificó también la portada Oriente del templo. Efectúan también obras en el convento, cerrándose un callejón conocido como de Triana que lo dividía y edíficándose construcciones para dar acceso a la tribuna de la mencionada capilla.
En una placa oval, localizada, actualmente en el ex-convento ocupado por el Hospital Concepción Béistegui se lee, sobre otras obras de modificación: "Se amplió este coro siendo abadesa la M.R.M.M. Agustina de S. Anna y Capellana mayor de dicha capilla la M. Anna Gertrudis de San Rafael en el año de 1784".
Este convento llegó a ser uno de los más importantes de la ciudad, -así como una de los más ricos; la vida que en él se llevaba era muy similar a la que se mantenía en el Convento de la Concepción.
En el templo aún se conservan varios de los retablos realizados en los siglos XVII y XVIII con varias pinturas de los más afamados autores de la época.
El 13 de febrero de 1861 se trasladaron a este convento las religiosas de los conventos de Jesús María y de la Concepción, que vivieron aquí hasta el 8 de mayo de 1863 en que fueron exclaustradas en forma definitiva.
El templo, hacia fines del siglo XIX es elevado al rango parroquial y el 9 de febrero de 1931 declarado monumento.
Durante mediados del siglo XX se le han realizado varías reparaciones y restauraciones. Las más relevantes fueron las hechas en 1968 y 1971. En la primera se cerró la calle que se había abierto frente al templo, recuperándose la plaza que hacia el norte se encuentra.
En la actualidad se realizan obras de liberación y de recuperación, en las que se han localizado una pequeña capilla doméstica, las circulaciones para el acceso a la tribuna de la capilla de los Medina y probablemente secciones de los lavaderos. Esto en las dependencias que se encuentran al sur del templo y que tienen acceso por la calle de Bolívar.
El templo de Regina Coeli es de una nave con el ábside ochavado al poniente; los coros, actualmente vinculados en planta baja con la nave al poniente; dos portadas en el muro norte y la capilla de la Inmaculada Concepción, más conocida como "la de los Medina Picazo" al sur, al igual que la sacristía; en el extremo norponiente se levanta la torre-campanario.
El interior está cubierto por una bóveda con lunetos en cinco secciones, dos ocupadas por los coros y tres por la nave; insinuando un crucero se levanta una cúpula sobre tambor octogonal coronada por una linternilla.
La fachada norte está dividida por ocho contrafuertes; los tres del poniente son bajos y seccionados, cuatro tienen la altura de la fachada y están rematados por pináculos, alojando gárgolas; el último, de mayor área, con reloj.
Las portadas, labradas en cantera, son diferentes; la localizada al oriente se compone de dos cuerpos; en el inferior, se ve un arco de medio punto moldurado con la clave realzada, se desplanta sobre pilastras de fustes entablerados y capitales dóricos sobresalientes. A los costados y flanqueando el vano, existen pares de pilastras sobre pedestales, con fustes estriados y capitales compuestos, que sustentan un entablamento con resaltos sobre las pilastras y sobre la clave; en el friso de éste, está labrado el monograma de María; las enjutas están decoradas con lacerías ondulantes.
Un relieve enmarcado con acodos en el que se representa el nacimiento de Jesús, bajo cortinajes abiertos por ángeles es el tema central del segundo cuerpo. Lo flanquean pináculos adosados y pilastras sustentadas sobre pedestales, con fustes trabajados con estrías onduladas al igual que los pináculos y con capiteles compuestos. Estas dan base al entablamento con el friso igualmente ornamentado. Remata la portada un frontón triangular truncado, con el tímpano decorado con una concha que se interrumpe para dar base a una peana, sobre la cual se apoya la cruz de dos brazos símbolo de la tutela arzobispal. Pueden apreciarse en este remate dos pináculos.
La portada del poniente está compuesta por dos cuerpos; en el inferior existe un arco de medio punto moldurado sustentado por pilastras con los capiteles realzados, en dimensiones y molduraciones similares al arco de la portada oriente. Flanquean el vano pílastras entableradas sobre plintos con capiteles dóricos, que dan sostén al entablamento. Las enjutas están decoradas con relieves.
En el segundo cuerpo se abre un nicho, con el cerramiento en forma de concha, que en el interior aloja a una escultura de la Inmaculada Concepción. El nicho está flanqueado por pilastras que sustentan un entablamento sobre el que se desplanta un frontón triangular truncado.
En el tímpano puede verse un escudo coronado con el anagrama de "María". A los costados del nicho y, siguiendo el eje de las pilastras, se encuentran pináculos adosados. Una moldura remata la portada.
El basamento del campanario, de planta cuadrada, está rematado por un entablamento, con el friso decorado con triglifos y metopas; bajo él, en la cara norte se lee: "SANCTUS FORTIS". El campanario está conformado por dos cuerpos ochavados. En cada uno se abren ocho arcos de medio punto protegidos con barandales de hierro forjado, flanqueados por columnas acosadas sobre basamentos de fuste liso y capitel. Sobre estas columnas se apoyan los respectivos entablamentos, que separan ambos cuerpos; el entablamento superior da base al cupulín, que, con lucernas, línternilla y una cruz, rematan el campanario.
La capilla de la Concepción de Nuestra Señora o de "los Medina Picazo" se edificó en los terrenos en que se localizaba la celda de Isabel Medina Picazo, y que a su muerte, en 1727, se encontraba abandonada y en estado ruinoso. La obra fue costeada por D. Ventura Medina Picazo, quien donó para su ornato varios lienzos y objetos de su capilla. Dispuso también que contara con tres retablos, el principal dedicado a la Concepción, otro para un calvario, y un tercero para el Nacimiento; ordenó que " ... se fabricase una rexílla de comulgatorio... así mismo se hiciera dentro de la misma capilla una tribuna con su reja y puerta a la clausura del convento".
La obra fue ejecutada por el Arq. Miguel Custodio Durán, bendiciéndose el 15 de noviembre de 1733.
La capilla se encuentra en el muro sur del templo frente a la portada oriente; tiene planta de cruz latina dividida en tres secciones, las extremas cubiertas por bóvedas con lunetos y la central por una cúpula octogonal sobre tambor y con linternilla.
El coro está al norte y el ábside al sur.
La portada que da al templo está compuesta por un arco de medio punto moldurado, con la clave realzada, que descansa sobre las impostas, flanqueado por pilastras sobre podestales con basamentos, fuste con estrías onduladas y capitel dórico; las enjutas están ornamentadas con relieves. El entablamento presenta tres resaltos; el central sobre la piedra clave y dos laterales sobre las pilastras; el friso está decorado con relieves y la cornisa da base a un frontón triangular truncado, que en la parte central aloja a un nicho, bajo el cual se encuentra una cartela con la siguiente inscripción:
"Esta capilla se fabrico a expensas
del Sr. D. Buenaventura Medina y Pícazo. Fue
su dedicación en 15 de noviembre de 1733
y en este
dia tomaron el habito de religiosas en este convento 5 se
ñoras doncellas que doto su devocíon en
reverencia de los 5 señores con la dote
de tres mil pesos cada una".
El nicho está cerrado con forma de concha, y en el interior aloja a una imagen de la Santísima; flanquean al nicho pilastras que sustentan un entablamento y un frontón triangular, en cuyo tímpano se encuentra la paloma del Espíritu Santo, rematado por una cruz de doble brazo; a los costados los pináculos adosados, con las respectivas imágenes del Sol y la Luna.
