El templo y el ex-convento de la Merced, aglutinan interior y exteriormente características de muy diversas épocas.
La disposición general corresponde al esquema de una sola nave con capillas criptocolaterales, donde los brazos del crucero tienen la misma profundidad.
Es interesante apreciar la sucesión de cuatro bóvedas vaídas en la nave, lo que atañe también a la bóveda que se levanta aislada sobre el ábside, en el crucero un tambor y una enorme cúpula reconstruida hace medio siglo. Otra variante mayor la constituye la capilla anexa dedicada al Sr. del Consuelo. El recinto se prolonga como continuación del brazo de crucero, con un corto tramo de cañón y una cúpula octagonal sobre pechinas.
Un par de bóvedas de cañón con lunetos que soportan el coro, el arco intermedio reposa en impostas, mientras que los bordes se apoyan en pilastras. Mas original todavía es que, tras el coro, existan sendas galerías por encima de las 2 primeras capillas criptocolaterales.
El actual templo, data de 1646. Derruida la primera iglesia de piedra y ladrillo, se planteó la reconstrucción y el convento fue ampliado con un anexo de celdas que englobaba la antigua casa y el pozo de San Marcial dentro del patio.
Nuevamente, el templo fue afectado por los sismos y el rector Fray Diego de Aguilar, nombrado comendador en 1680, solicitó del capítulo de México la autorización de reconstrucción en 1683. La obra comenzó este año con asesoría de alarifes y con materiales de cantería labrados y se concluyó en 1690. Los temblores de 1702 y 1727, produjeron grietas y derribos en bóvedas, muros y torres, hasta completar la ruina del templo, que no fue reconstruido en 60 años. A comienzos del siglo XVIII, el comendador Fray Isidro Escalera efectúo reparaciones con cantería para poder continuar el culto.
Levantó de nuevo la bóveda, doró el retablo del altar mayor y enriqueció su interior con esculturas y pinturas. La obra duró en pie hasta 1787 en que de nuevo fue derribada por un temblor.
Los frailes fueron exclaustrados el 11 de agosto de 1859 por orden del juez de distrito Félix Romero, pero el templo continúo abierto al culto.
En 1898 el obispo Guillow adquirió el templo e inició la restauración y el enriquecimiento del interior, poniéndolo bajo la administración de su capellán canónigo Manuel Aguirreola.
En diciembre de 1933, el templo de la Merced fue declarado monumento histórico.
Descripción de la portada principal
La portada en sillares de cantera verde, orientada al poniente, compuesta por tres cuerpos e imafronte.
El acceso contiene dos jambas con canaladuras en forma rectangular en su longitud, con capiteles dóricos, que se unen con un arco de medio punto con molduras que se interrumpen en su clave labrada con el escudo mercedario, flanqueados por un pedestal a cada lado, el que soporta dos columnas adosadas, con fustes estriados, enfatizandose mayormente en su primer tercio, teniendo capiteles jónicos unidos por una arquitrabe y el friso en sobrerrelieve, rematado con un cornisamiento con dentículos. En el segundo cuerpo, en la parte central, se localiza una hornacina con un arco de medio punto en forma de concha, la que aloja la escultura de la virgen de la Merced apoyada en una peana en la que a sus lados se desprende un elemento en sobrerelieve que enmarca la hornacina, a sus lados se tiene una pilastra rectangular con fuste estriado y capitel corintio, flanqueadas por una columna adosada, siguiendo el mismo eje de la columna del primer cuerpo, cuyo fuste estriado en su primer tercio en forma horizontal en línea quebrada y los otros dos tercios en forma salomónica con capitel corintio, unidas estas cuatro columnas con una arquitrabe y un friso enmarcados por un cornisamiento, a los extremos de las columnas, existe un pedestal rematado con un pináculo a cada lado en el mismo eje de las columnas de los extremos del primer cuerpo.
Existe un óculo en la parte central del tercer cuerpo el cual ilumina el interior del coro, flanqueado por dos pilastras con fustes balaustrados con la segunda mitad estriado con capiteles corintios unidos por una arquitrabe friso y cornisamiento, en los mismos ejes que las columnas del segundo cuerpo.
El remate de la portada, compuesto por una pequeña hornacina central que aloja la escultura de una virgen en una peana con un marco en sobre relieve rematado con un frontispicio, a cada lado un ornamento y un pináculo en su parte superior, al mismo nivel junto a los basamentos se tiene una peana por lado sin escultura, el remate del imafronte es en forma ondulada.
Descripción de la portada principal
La portada en cantera café orientada al poniente, compuesta por dos cuerpos.
El acceso contiene dos pórticos, estando el de la izquierda tapiado, en el centro se tienen dos columnas y a sus extremos otra columna con capiteles dóricos, seguido de un elemento de transición llamada garganta de donde se desplantan dos arcos de medio punto con molduramientos interrumpidos en sus claves pinjantes con roleos, teniendo en su enjuta el escudo labrado en piedra de la orden de la congregación Mercedaria, rematando el cuerpo con un cornisamiento.
Los vestigios que existen del segundo cuerpo, consisten en una piedra labrada con el símbolo de la virgen María en el centro de la portada, flanqueada por dos esculturas de niños con un canasto de flores, hay una peana en la parte superior del símbolo de María con la escultura de la Virgen, alojada en una hornacina.
