Entre 1530 y 1533 el franciscano Fr. Juan de San Miguel evangelizó Copándaro dejando el cuidado a un sacerdote secular, hasta la llegada en 1550 de Fr. Francisco de Villafuerte quien consolidó la evangelización entregándola a Fray Diego de la Magdalena.
"... Hacia 1560 la familia Villaseñor fundó una hacienda en los predios baldios, que por compra venta pasaron a manos de D. Antonio de Vergara y Elizalde, hermano de un agustino y padre de otros dos... al ser ordenados sus hijos Martín y Felipe sacerdotes agustinos (1615-1619) su padre les regaló a Fray Martín la Hacienda de Copándaro y a Fray Felipe la de Chucándiro quedando así ambas en propiedad de la Provincia.... ... Diéronle por prior al P. Fray Juan Adriano ...[que]... logró terminar la iglesia y convento, de cantería al estilo plateresco, réplicas de las construcciones de Cuitzeo, como obra que fue del mismo artífice....
En el mapa de la Provincia Agustiniana de Michoacán de F. Ang. Lubin, posterior a 1567 no aparece la población de Copándaro, Basalenque nos dice que Cuitzeo ... tuvo a Santiago Cupándaro por Visita más de diez y seis años, y hoy (1621-1632) aunque es Priorato, la justicia de los indios está sujeta a la de Cuiseo.... Asienta el cronista que ... hasta 1566 se hizo Priorato... y así han conservado la devoción de la iglesia mucho y sujeción a sus ministros; los cuales luego que asistieron trataron de hacer iglesia conforme al pueblo y la hicieron bóveda, un cañón muy lindo de 13 varas de ancho, y a su proporción el largo y el alto; de modo que no le queda que envidiar al de Cuiseo sino en ser mayor. Tiene su retablo y colaterales muy buenos, y sólo se aventaja el de Cuiseo en lo que la iglesia que es en ser mayor, que la arquitectura es de mano del mismo oficial de México tiene un cementerio muy almenado, lleno de cipreses y naranjos, que causan mucha hermosura... la gente es mas rica... tiene muy lindos ternos de plata...
...Hicieron convento capaz de diez a doce celdas muy buenas y sobretodo, un lindo claustro pequeño todo de bóveda, con pila de agua en medio que corre, que todo parece una taza de plata muy bien acabada, tiene muy linda huerta por que la tierra es muy buena para frutas y hortaliza y toda el agua necesaria para su beneficio la tiene en abundancia..."
El atrio conserva dos de sus accesos, el principal hacia el poniente con una portada neoclásica consistente en un arco de medio punto que se prolonga sobre sus jambas sin imposta, delimitado por medias canales en el extradós, que rompe un elemento de pañería de sillarejo en cantera. Sobre el eje central se encuentra un óculo de marco liso en el que se ubica una peana con su cruz de cantera. En el extremo derecho se encuentra una almena neoclásica y en el izquierdo los restos de otra. Un andador empedrado conforma el camino procesional que rodea la barda por el interior abriéndose con un andador a eje con la fachada flanqueada de cedros y laureles de la India en un jardín florido y bien cuidado.
Está delimitado por una barda de mampostería con una reja encima hecha en la década de los ochenta que substituyó las almenas que se habían colocado en los años cuarenta. El acceso poniente es similar al que describimos anteriormente; el atrio en el lado norte se corta bruscamente con una pared que colinda con la huerta y con propiedades particulares que invadieron parte del predio.
La fachada es representativa del fino estilo plateresco michoacano, construida totalmente en cantera de pañ ería, cortada y escuadrada en hiladas con una portada elegante y esbelta, consistente en un arco acanalado de medio punto apoyado en impostas y jambas también acanaladas; se flanquea por medias muestras de capitel jónico, desplantadas de altas basas decoradas con trazos geométricos de círculos inmersos en un tablero. Sobre los capiteles se apoya un entablamento moldurado de cornisa volada en la que se apoyan dos almenas candelero rematadas con el escudo de la orden, el corazón agustino cruzado por las tres flechas.
La ventana del coro es reciente, substituye al vano original del que desconocemos sus características, se apoya en una repisa moldurada; es de arco de medio punto con un vitral del siglo pasado representando a Santiago Caballero con su estandarte, flanqueado por columnas de candelero rematadas con almenillas sobre el entablamento superior que encuadra el vano; en el que vemos un texto en latín que no alcanzamos a distinguir la cornisa se rompe en medio punto para albergar una venera cuyo vértice superior ostenta la banderola del apóstol.
La fachada remata en frontón triangular de cornisa en saledizo con dos escudos a la altura del estandarte y dos gárgolas que una vez fueron ángeles en los extremos.
Al lado sur de la nave se encuentra la capilla abierta, de tres vanos con intradós encasetonado, al frente se agregaron dos muretes que rompen la fisonomía exterior; en planta alta se abren vanos, la mayoría de ellos del siglo XIX. El interior con arco de medio cañón, está decorado con cenefas de grisalla y sobre una representación de la Inmaculada en medio de un coro de ángeles pintada al falso fresco. En el muro norte, roto por un vano rectangular se ve el árbol de la familia agustina y en la parte baja se conserva la tiara de San Agustín.
La torre, construida por Fray Jerónimo de la Magdalena, ocupa el lado sur de la nave, es de un solo cuerpo, cuadrado, desplantado sobre un fuerte basamento de mampostería reforzado en las esquinas con amplios contrafuertes, una cornisa los separa. El único cuerpo achaparrado es cúbico con dos vanos de medio punto en cada una de las caras, conserva enlucidos al fresco con restos de policromía; un entablamento liso soporta el tambor ciego, circular, en el que se apoya el medio casquete de la cúpula. En el interior de la torre se encuentra la escalera de caracol, hecha de piedra que desemboca en el cuerpo único que funge como campanario donde aún se conserva decoración al fresco en blanco y rojo almagre, es una de las poquísimas torres de Michoacán construidas en el siglo XVI.
La nave es de un solo cuerpo con ábside semicircular, formada por dos anchos muros propios de las construcciones de cal y canto del siglo XVI, iluminada por altos vanos de medio punto abiertos en el paramento sur, en el cual también se encuentra la puerta lateral tapiada y decorada al falso fresco. La cubierta es de medio cañón desplantada de una cenefa de pintura al fresco con grutescos en grisalla alternada con decoración neoclásica que corta el cañón en falsos arcos formeros. Fue restaurada después de muchos años que no se usó por el temor a un colapso, inyectándose para consolidarla, reabriéndose al culto en 1984.
El arco triunfal de cantera decorada con casetones separa la nave en dos tramos, el presbiterio también se divide por otro arco paralelo, la cubierta en este sitio es de media naranja decorada en el interior por nervaduras y ángeles policromados dibujados al temple. Durante la restauración se observó claramente que el ábside fue sobrepuesto, ya que las piedras ni siquiera estaban entramadas y que seguramente la primitiva iglesia lo tuvo recto, ubicado a la altura del segundo arco, donde inicia el presbiterio. Los altares de que habla la crónica ya no existen y fueron substituidos en el siglo XIX en que se reforzó el edificio según consta en varias placas incrustadas en la fachada, en una de las cuales vemos la siguiente leyenda:
Construido en 1592
y reformado en 1856
pr. Savino Aurides.
Lo altares adosados a los muros son neoclásicos, de buena factura dedicados a: El Calvario, San Rafael, (hoy ocupado por un Sagrado Corazón), la Virgen de Guadalupe y la Trinidad.
En el ábside se mezcla la decoración del siglo XVI, y la neoclásica que representa a los doce apóstoles colocados en recuadros y columnas simuladas en pintura con fuste decorado con guirnaldas de vid. El guardapolvo, está hecho al fresco a la manera de casetones con doble cenefa de grutescos en la parte superior.
El altar es neoclásico, la imagen de Santiago Apóstol ha desaparecido cediendo el paso a un Cristo de buena calidad que ocupa el único cuerpo en la única calle delimitada por pares columnas jónicas enmarcadas por pilastras estriadas sobre las que se apoya el entablamento de friso decorado con guirnaldas y dentículos rematado en un frontón curvo trunco.
El piso es de barro, más alto en el presbiterio en el cual aún se conserva la barandilla del comulgatorio.
En el muro norte se abre un vano de medio punto de marco moldurado y abocinado que comunica al claustro, formando un nicho en el que se encuentra un espléndido Santo Entierro, de urna e imagen de alto valor artístico. Al pie de la nave está el coro, sobre arco rebajado con dos medallones tallados al frente con representaciones litúrgicas, y barandilla torneada. Durante la restauración se descubrieron ollas de barro con que se habían aligerado los rellenos en la sección de los extremos adosados al muro.
En el testero del coro se observa la extensa triple cenefa de decoración en grisalla, interrumpida por la ventana coral, que muestra claros indicios de haber sido modificado, tanto en el interior como en la fachada.
Al norte del templo se ubica el claustro, de proporciones platerescas, con deambulatorio a dos niveles porticado alrededor de un patio enlosado al que le quitaron la fuente que describe la crónica y que cubrieron con una ligera estructura para poderlo usar como iglesia ya que ésta amenazaba con caer por tierra.
El primer nivel se conforma de arcos escarzanos de intradós y extradós acanalados, que se apoyan en toscas columnas cuadradas con medias muestras en cada uno de sus lados, en los ejes de unión se colocaron pilastrones circulares que llegan con ese diseño hasta la doble cornisa que separa los dos cuerpos, en donde mediante pechinas invertidas cambian para convertirse en elementos rectangulares. El segundo nivel desplanta sobre un barandal de mampostería en paño de sillarejo intercornisada simulando un elegante tablero, sobre el cual se colocaron columnillas platerescas, una completa al centro y medias muestras en los extremos, que cargan arcos pares de medio punto de extradós abocinado con una flor en el vértice. Un tablero de cornisa volada cierra el paramento.
Los pasillos del deambulatorio, están decorados con pintura al fresco representando frailes de la orden y escenas litúrgicas casi borradas, se conserva una estación, posa en uno de los remates . están cubiertos por bóvedas de cañón corrido que presentan doble capa pictográfica, la primera al fresco en grisalla y la segunda en falso fresco con color; éste último simulando nervaduras encasetonadas. La apertura de puertas y ventanas destruyó los paramentos perdiéndose la comprensión de la temática.
El piso enlosado estuvo seguramente enlucido, aún pueden verse las huellas del estucado a la cal en algunos puntos.
Del claustro poco queda, a excepción de la sacristía y el refertorio en planta baja, y unos cuantos vanos conopiales en la alta colocados en el muro envolvente, las techumbres y espacios fueron modernizados en los años cuarenta demoliéndose sin ninguna consideración las celdas y crujías que conformaban el diseño arquitectónico, para adaptar el área a casa cural y a aulas que ya no se usan como tales.
En el huerto aún se conservan vestigios de antiguos locales de piedras labradas dispersas, los árboles frutales a que alude la crónica siguen rindiendo su anual dotación de naranjas, se extiende hacia atrás de la iglesia en donde vemos amplios contrafuertes soportando el muro curvo del ábside y un botarel a la altura del arco del presbiterio que como ya dijimos antes corresponde a una etapa posterior. La hermosa volumetría del conjunto se vuelve más airosa con las almenas en pináculo, sello del siglo XVI que campean en una parte del pretil.
