La Relación de la Provincia de Michoacán escrita entre 1579 y 1581 dice que el pueblo de "...Acachuen es sujeto de Chilchota, quiere dezir en español "xicara tapada": Llámase por otro nombre San Francisco..." fue conquistado de manera pacífica por Cristóbal de Olid, enviado del marqués del Valle "...esta media legua de Chilchota, digo legua y media, en el monte, arrimado a las serranías montosas ya dichas, al sueste, mas junto al camyno rreal que va a Pascuaro; esta al sueste, terna de vezindad hasta quince o beynte vezinos: beben de una fuente pequeña que nase junto al pueblo en unas barrancas; es pueblo questa entre unos mal payses como los que se an nombrado, aun quel asiento del pueblo esta en llano y es del panino del de Chilchota; los naturales ablan la propia lengua y son todos unos y biben y se tratan de una manera en todo... tienen su yglesia y espital; son jente haraganas... y mentirosos y muy susios... Pedro de Billela...".
Según antecedentes se le puso desde su fundación la advocación a San Francisco de Asís, por haberlo construido frailes de la orden, en 1640 pudo haberse transferido al secular, ya que es una fecha que se consigna con frecuencia en el recuerdo de la tradición popular. El Obispado de Michoacán en el siglo XVII registra al sitio como doctrina de clérigos, lo que indica que ya había sido quitado a los franciscanos que fundaron templo y hospital, además de agruparlos como pueblo; para entonces tenía "... once vecinos casados y dos solteros..." al igual que el resto de las poblaciones de la cabecera de Chilchota tenía su hospital.
Durante el siglo XVIII, en 1765 se comenta respecto al "... corto número de feligreses..." que obligaba al cura a cobrar sólo media paga.
La cédula de identificación de Bienes Nacionales de la Secretaría de Hacienda expedida el 1º de febrero de 1910, ubica a la Municipal de Chilchota en el Municipio de Zamora y denomina al templo como Santuario, indicando que colinda al sur con la plaza del pueblo.
En ese tiempo se describe con "...una anexidad compuesta de tres piezas... [y un costo aproximado del inmueble de] $ 1,000.00...".
En 1923 la Comisión de Inventarios de Bienes Nacionales indica que tenía como anexidades "... atrio y casa cural:... [y un costo de]... $ 80.00...".
La represión religiosa tuvo también consecuencias en este lugar, continuándose durante la etapa agraria que tomó el edificio cerrándolo al culto y prohibiendo el acceso a los creyentes. En 1939 los vecinos solicitan su devolución y permiso para repararlo, el informe de la subalterna de Hacienda considera que "... se hace necesario entregarles dicho templo para hacerle las reparaciones necesarias ya que, según dicen, hace tiempo se encuentran cerradas sus puertas.. [se anexa la lista de vecinos de la junta vecinal]... a quienes se entregará el templo...".
Para 1946 el inspector de Hacienda reporta que su "...valor catastral... puede estimarse en $ 19,000.00... y se encuentra abierto al culto público... sin ningún otro aprovechamiento... [y] su estado de conservación es regular...".
En 1965 el párroco del lugar solicita se le permita reparar el muro testero que amenazaba colapso y se le ordena "... proteger convenientemente el retablo..." autorizándose la "... demolición del muro testero apuntalando la cubierta y rehacerlo de adobe...".
El conjunto actual consta de atrio, nave con su torre, y anexos; el predio está rodeado en sus cuatro paramentos por calle.
El atrio es casi cuadrado con un área aproximada de 300
m2 se ingresa a él mediante un pórtico formado por dos grande macizos de adobe que flanquean un vano rectangular techado con viguería y teja, de los que arranca la barda atrial hecha también de adobe y enjarrada con lodo bajo una capa de cal, desplantada sobre cimientos de mampostería; y protegida en la parte superior por una línea de teja.
Casi en el centro del atrio, y desalineado respecto a la entrada de la iglesia se encuentra la cruz atrial, desplantada sobre un basamento escalonado y una sección cúbica que presenta al frente un nicho de medio punto. La cruz, desplantada de una peana piramidal remata en poste y cruceros con una ornamentación flor-lisada.
Algunos árboles de conífera desplantan en el ancho espacio cubierto de pasto que tiene como única zona de pavimento una pequeña explanada rectangular hecha de piedra careada que precede a la iglesia.
La fachada cumple con las características de las portadas franciscanas, de paramento liso y blanqueado rematado con un imafronte mixtilíneo coronado por pináculos neoclásicos de cantera. Puede observarse el nivel original que fue alterado eliminándose el nicho de San Francisco que debió existir antes de la modificación.
La portada consta de un acceso con arco de medio punto ornamentado por el extradós con cordones franciscanos y flores de cuatro pétalos, el corte de las dovelas indica su primitivismo ya que estas se encuentran ejecutadas de manera irregular y sin clave; descansa sobre capiteles toscanos que rematan jambas de pilastra orlada con el cordón y basas toscanas, que igual que los capiteles se decoran con flores isabelinas. Un alfiz moldurado recuadra el arco soportando las basas de una ventana geminada cuya columna central es reciente. El extradós de los vanos de medio punto se decora con listel de cordón apoyado sobre anchas impostas molduradas que casi tocan el alfiz perimetral que las envuelve. Los elementos de cantera rosa tallada, destacan sobre el liso paramento encalado y rematan en una cornisa en saledizo que delimita el frontón mixtilíneo.
La torre se alinea con la portada y está construida con adobe entreverado con rajuela, en la parte superior cuatro cuerpos macizos soportan una cubierta a dos aguas techada con teja sobre morillos; se ingresa a través del atrio.
La nave es de planta rectangular y ábside plano recubierta de aplanado y pintura a la cal por el exterior, en las esquinas del ábside se refuerza con amplios contrafuertes de piedra y lodo de base circular, a lo largo de los muros se abrieron vanos rectangulares que iluminan el interior, pueden observarse contrafuertes esviajados que se agregaron para apoyar los muros.
Del lado * se ubica la sacristía consistente en una simple habitación rectangular de adobe techada con tijera de madera y cubierta de teja, similar a la que se alinea con el paramento de la fachada que sirve para la enseñanza de la doctrina y que ostentosamente llaman la casa cural; a la cual se ingresa directamente desde el atrio.
