Aunque la capilla que actualmente forma parte de la ex-Hacienda de Villachuato surge en la historia de Michoacán desde el siglo XVI en que este sitio formó parte de las encomiendas del Bajío, el edificio que hoy vemos tiene clara ascendencia neoclásica. Históricamente desde el siglo XVII contaba con área destinada al culto, el Obispado de Michoacán nos dice: "...La estancia del Valle de Villachuato, del Alferez D. Joseph de Figueroa, hierra (mil) dos mil y ochocientos becerros y becerras (setenta) cincuenta mulas, coge algún maíz. Tiene capilla. Tiene más una hacienda de 20 mil ovejas y hierra cincuenta potros y potrancas...". La estancia era una de las más importantes de las comprendidas en el Cacalote, que junto con las del Valle de Ururuta y otras más conforman el rico bajío michoacano.
La monografía de Puruándiro indica que Villachuato "...fué la hacienda de mayor productividad, la que el alferez José de Figueroa acrecentó al comprar a la viuda Ma. Nuñez la estancia del Maluco, a mas del maíz que sembraban en el rancho de Surumuato..." durante toda la colonia "...Villachuato se llevaba la medalla de oro: de 12 mil a 15 mil reses; 60 mil borregos y 500 caballos y mulas..." durante el segundo imperio era tal su excedente que "...El Sr. de Fagoaga y Villaurrutia, hijo del Marqués del Apartado heredero de la Hda. de Villachuato, que abarcó las de Zurumuato, el Maluco, San Martín y San Antonio..." hizo un donativo para una beneficencia que llevó su nombre.
Su importancia era tal que al tenderse la línea de ferrocarril para unir a Pénjamo con Ajuno, en vez de pasar por la cabecera, Puruándiro, se estableció a un lado de la hacienda. Durante el porfiriato era su propietario D. José Jiménez que la mantenía en pleno auge, al morir la heredó a sus yernos D. Joaquín García y Carlos Markazuza. En ella nació D. Aristeo Mercado, que llegaría a ser gobernador en 1892.
En 1915 la ley agraria desató la total destrucción de las haciendas como centros productivos de un solo sueño considerados como latifundios, los propietarios de Villachuato repartieron tierras a los llamados peticionarios, llamados también fraccioneros bajo el liderazgo de Jesús Suárez.
El proceso agrario no se detuvo, a pesar de las nuevas tendencias anticlericales, sabemos por un informe presentado por el subjefe de Hacienda fechado en 1936 que continuaba abierta al culto público, en su escrito hecho para responder a la petición de los ejidatarios del pueblo de Villachuato, (creado a raíz de la repartición de tierras por el Presidente Cárdenas sobre terrenos de la finca) referente a la cesión de la capilla para restablecer una escuela, dice: "...La citada capilla se encuentra instalada desde hace 30 a 35 años desde que se hizo el casco de la hacienda, se abre al culto los domingos y entre semana dos o tres veces una o dos horas al día, el local donde se encuentra instalada desde su erección fue hecho para uso de la citada capilla, cuenta con dos cruceros y dos piezas anexas que sirven de bautisterio y sacristía, oficia sacerdote cinco veces al año y se encontraba en poder de algunas vecinas del lugar... Los vecinos... no están conformes que se instale en el local de la capilla la escuela... si se cede el local [creo que] habría dificultades entre los habitantes del pueblo...".
En 1980, el patio principal de la hacienda presentaba un grado considerable de abandono, hoy lo vemos seccionado por muros nuevos que lo fraccionan en predios laterales sobre una traza urbana reticular, bancas de granito, piso de adocreto y postes con dragones conforman la plaza cívica actual.
Al fondo se extiende el extenso paramento del casco de la hacienda, con el acceso cerrado a los intrusos, su casco de 85 metros de frente con su arcada corrida en el primer nivel soportada por 16 columnas de diseño toscano de características neoclásicas porticando un extenso corredor con arcos de medio punto de extradós moldurado y clave resaltada cuyas pilastras toscanas se prolongan hasta el entablamento. Este último con friso de triglifos y metopas separa al segundo cuerpo mediante una cornisa moldurada en saledizo; las esquinas se refuerzan con pilastrones esquineros de junta acanalada.
El nivel superior se divide en tres secciones, la del centro compuesta por una logia de vanos rebajados flanqueada por macizos horadados por seis ventanas alargadas cada uno, colocados a eje del arco inferior; tienen jambas y dintel moldurados con friso decorado con guirnaldas, sobre el cual se encuentra un frontón trunco con adorno ecléctico al centro.
El cornisamiento superior es un entablamento moldurado anástilo protegido por tejas. La carpintería es neoclásica y la herrería también de fierro fundido; los entrepisos son de viguería y terrado.
El paramento está revestido por cantera rosa, al occidente se ubica una gran troje de cal y canto con cubierta dos aguas de las que sólo se conserva la estructura, ya que la teja ha sido usada por los vecinos para hacer sus viviendas.
Aunque el acceso a la capilla no está permitido, la descripción de Bienes Nacionales intervenidos en 1936 la describe: "...Consta de un local en forma de cruz, y dos piezas anexas que sirven de bautisterio y sacristía, se encontraron objetos, útiles, muebles, etc. de caracter religioso..." por lo que se hizo el inventario necesario para que la Secretaría de Hacienda tomara posesión de ella.
Al frente de la casa grande se ubica una nueva iglesia, ya que en 1975 se le concedió la jerarquía de Parroquia segregándola de Janamuato y procediéndose entonces a construir la nueva sede parroquial, actualmente concluida.
La década de los noventa no fue mas amable para la ex-hacienda, ya que en 1992 los ejidatarios la solicitan alegando que no estuvo contemplada en la repartición del ejido y pieden se les entregue también la capilla que estuvo cerrada desde 1947 "... para utilizarla como granero ejidal...", ya que ese mismo año se trasladaron los bienes inventariados a la nueva capilla.
Desconocemos la respuesta de Bienes Nacionales respecto a su destino, pero por su actual estado de abandono debió ser una respuesta negativa, y al desaparecer el comité agrario, quedó como tierra de nadie en posesión de posibles herederos del casco que por evitar conflictos con los pobladores han tenido a bien dejarlo en el olvido, permitiendo que los usuarios eventuales del gobierno local la dejen caer en completo abandono.
Los bienes inventariados fueron supuestamente trasladados a la nueva iglesia, en la que sólo observamos imágenes y objetos de escaso valor artístico o histórico.
