Está registrado como Bien Nacionalizado en los archivos de Hacienda del 1.º de junio de 1887, lo que indica que data de época anterior, lo que se confirma por su sistema constructivo.
El atrio es extenso; se accede a él después de subir tres escalones de piedra. Está recubierto por losas de concreto, dejando áreas verdes con algunos árboles de Galeana que surgen de jardineras de mampostería. Alrededor de la iglesia se conserva despejado el terreno hasta la parte posterior, en donde algunos vecinos se apoyan sobre sus muros. El espacio atrial está delimitado por una reja metálica que se apoya sobre un muro de piedra junteada en blanco, con algunas pilastras rematadas en pirámide, imitando almenas.
La fachada es de un solo paño, integrado a la base de la torre. Está hecha en piedra brasa de mal país, de origen volcánico, entreverada con tabique grueso que, al parecer, fue colocado para cubrir las oquedades del mamposteo. La portada consiste en un simple marco rectangular de características neoclásicas, formado por medias pilastras de capitel jónico y fuste estriado, desplantadas de altas basas que soportan el entablamento de friso ornamentado con guirnaldas de acanto, con dentículos y cornisa en saledizo; al centro se encuentra el acceso de arco de medio punto, con clave resaltada e impostas de extradós y jambas tableradas. La puerta de madera forma tableros cuadrados en retícula, decorados con cruces.
Sobre el acceso se encuentra la ventana coral, simulando una cruz mixtilínea hecha en cemento. El remate superior es plano y se corta con una cantera volada; a eje de la puerta desplanta un cuerpo rectangular que alberga un reloj de nueva factura.
La torre, a la derecha del acceso, fue construida recientemente; desplanta de un macizo basamento cuadrado con dos vanos al frente, uno mixtilíneo y el otro rectangular. Remata al ras de la fachada para formar un ático intercornisado, sobre el que se ubica el primer cuerpo de doble vano de medio punto en cada uno de sus paramentos, esquema que se repite en los dos cuerpos superiores para rematar en un cupulín con su linternilla y su cruz en la cúspide.
La nave es en parte nueva, amplia y con crucero, sobre el cual desplanta la cúpula forrada de azulejo industrial blanco y azul, con una linternilla en el remate superior.
El ábside es plano; en él se encuentra la imagen de bulto de San Francisco de Asís. El Señor de la Clemencia, a que se refiere la crónica, se encuentra arrinconado en la sacristía. Dos nichos laterales albergan a San José y a la Inmaculada Concepción, ambas imágenes de escaso valor artístico.
Durante el movimiento maderista se organizó una partida de 70 a 80 hombres en pro del modernismo, al mando de Eduardo Gutiérrez. Entre su estado mayor estaba el ex caporal de "Presa de Herrera", hacienda que pertenecía a la familia Arce, de marcada tendencia porfirista.
En 1914 apenas excedía de un millar de habitantes; sin embargo, la Ley Agraria de 1915 agredió a Presa de Herrera, hoy Manuel Villalongín, encabezada por Antonio Andrade, líder de la organización agrupada por el ex zapatista Eutimio Pantoja, que, junto con otros líderes, se entrevistaron con los Tena y otros hacendados para que les fraccionaran las tierras que no explotaban. Ante una negativa rotunda, se provocaron enfrentamientos entre los agraristas y los fraccioneros, incondicionales de los latifundistas.
Las luchas por las tierras de la hacienda continuaban en 1931, año en que los agraristas de Janamuato y Presa de Herrera fueron atacados en sus cuevas por los fraccioneros, "...siendo asesinado el líder de Presa de Herrera, hoy Villalongín, el zapatista mutilado Eutimio Pantoja...". Cuando lograron tomar posesión de las tierras, algunos de los comuneros tuvieron que emigrar por la inestabilidad de la posesión y el temor de perder la vida.
Las tierras, hasta entonces de agostadero, se convertían en campos agrícolas de abasto apenas suficiente, sustituyéndose el trigo y garbanzo de exportación por el maíz y frijol que consumían los ejidatarios.
El 1.º de enero de 1936, el comisario ejidal y el maestro rural federal avisan a Bienes Nacionales que se expropiaron los anexos. En el acta respectiva informan lo siguiente: "...El día 25 de enero del año en curso, los suscritos... con la intervención de las autoridades civiles, tomamos posesión de los ANEXOS curato del templo para destinarlos como edificio escolar y oficina del comisariado ejidal...". La Monografía de Puruándiro nos dice que "...la parroquia de Manuel Villalongín contó en principio con un templo reducido, cuyo espacio queda dentro del más amplio que se construyó bajo la dirección del padre Daniel Vera..."; el atrio fue remodelado en el año de 1980 por don Antonio Mora, entonces párroco del lugar.
En 1985, la inspección efectuada para el programa de recuperación de Inmuebles Federales de la SEDUE dice: "...Al norte, centro de la población. Sur, unidad médica rural. Oriente, callejón sin nombre. Poniente, población de Godino... Los materiales utilizados son: piedra y ladrillo, techo de bóveda de cañón, pisos de mosaico y cerca de ladrillo...".
La actual construcción consta de atrio, nave, torre, sacristía y casa cural. Fue reconstruido, como ya dijimos, en gran parte durante el siglo pasado y mediados de este, según indican sus materiales de construcción, que entreveran piedra y ladrillo.
La Monografía de Puruándiro nos dice: "...el templo de Manuel Villalongín es de factura reciente, construido sobre el antiguo; cuenta con una torre de cal y canto, marcos de cantera, cruceros y una cúpula, coro con armonio, sacristía y bautisterio; a la entrada, en el costado derecho, se venera al Cristo de la Clemencia...".
