El informe de Bienes Nacionales de 1946 nos describe la situación de esta capilla que pertenecía al antiguo barrio de San Juan y que fue fundada en ese sitio desde la urbanización del pueblo dirigida por los franciscanos que se establecieron en Zacapu. Su presencia nos recuerda el infalible culto a los Dioses propiciadores del agua y las lluvias del mundo prehispánico en un sincretismo superviviente hasta tiempos de la colonia y hoy olvidado.
El informe nos dice que su "... Ubicación es al Norte y en las orillas de ésta población [de Zacapu]... sus medidas y colindancias son [1946]: al Norte en 20.90 mts. con la calle Matamoros; al Sur en 2.30 con casa... y 18.60 con casa...; al Oriente en 8.25 con calle del Perú; y al Poniente en 9.10 con casa...
... Fue construida la capilla de San Juan por el año de 1635...", probablemente para substituir la original capilla que por ser de tierra debía estar muy dañada.
El informe indica que "... se desplomó por falta de atención por el año de 1916, quedando los Santos en poder de José Aguilar vecino del pueblo hasta la fecha; la campana fue recogida a la parroquia por el párroco de esa época..." desde entonces el predio estuvo abandonado. El Jefe de Tenencia en 1946 agrega: "...El terreno pertenece a la Nación de conformidad al artículo 1o. de la ley de 12 de julio de 1859 y demás leyes relativas sobre bienes del clero y la iglesia, en virtud de que en el mismo existió la capilla del Culto Público Romano denominada De San Juan, desde el año 1635 hasta el de 1916 en que se desplomó...".
El jefe de la subalterna de hacienda reporta que el terreno "... a pesar de ser de propiedad federal, fue vendido por Mauro Meza, que se dijo por representación de la comunidad indígena a Feliciano Moreira en la cantidad de 45.00...", debido a que todo el mundo se quejaba del estado de abandono en que encontraba; existen solicitudes de enajenación al ayuntamiento desde 1942 en que el jefe de tenencia reportaba: "... Continúa siendo un foco de infección a causa de las basuras y animales muertos arrojados por los vecinos...".
En 1945 los vecinos, ya menos atemorizados por el gobierno anticlerical que había precedido a esa época solicitaron a Bienes Nacionales la posibilidad de reutilizar el predio de la capilla de San Juan para fincar una nueva iglesia agregando que la extensión del inmueble era de 175.35 m2. suficientes para tal efecto.
No se sabe si la Dependencia otorgó el permiso, pero el caso es que en 1952 las gentes del barrio limpiaron el terreno de "todo escombro y ruinas" de la antigua construcción fincando un nuevo templo con muros de tabique, estructura de concreto armado y fachaleta de laja de cantera. Recientemente se agregó una torre pórtico de concreto, totalmente moderna, que rompe al igual que el resto de las nuevas construcciones con la armonía de las viejas casonas de la ciudad. A pesar de que la nueva construcción carece de interés adquiere relieve consignarla como dato histórico de relevancia en el tejido Urbano del Casco histórico de Zacapu.
