El conjunto inició su construcción como una modesta capilla abierta durante el siglo XVI, encontrándose entre los elementos de ese entonces: el presbiterio, la sacristía y el bautisterio .
La siguiente información fue tomada textualmente del Catálogo de Construcciones Religiosas del estado de Yucatán. Editado por la Secretaría de Hacienda y Crédito Público. Dirección General de Bienes Nacionales. Formada por la Comisión de Inventarios de la Cuarta Zona 1929 - 1933. Recopilado por Justino Fernández.
"CHOLUL.
MUNICIPIO DE MERIDA.
SAN PEDRO.
HISTORIA. No se tienen datos precisos sobre la época de construcción de este predio, pero por sus características arquitectónicas puede colegirse que pertenece a los edificios de esta índole, fabricados durante el siglo XVI, habiendo sufrido algunas modificaciones posteriormente.
DESCRIPCIÓN. Este predio consta de atrio, templo, sacristía y una pieza anexa.
El atrio está cercado y quedan en él dos arcos de mampostería que fueron las entradas cuando existía la barda que lo limitaba. Uno está en el lado sur, y el otro queda al frente de la entrada principal del templo.
El templo es de mampostería de tres naves, con su piso de ladrillo francés en regular estado, su techo de vigas de fierro con viguetillas de madera y entortado, apoyadas en los arcos longitudinales y transversales que forman las naves. Los arcos descansan sobre pilastras de mampostería. El presbiterio que tiene techo de bóveda de cañón, es del mismo ancho que la nave central con un arco al frente; su piso es de ladrillo francés y está más alto que el de la iglesia; un escalón corrido al frente facilita el acceso a él y un barandal sencillo de madera lo independiza del resto de la iglesia.
Tiene cinco puertas: dos en cada costado y una al frente, que permiten el acceso del público. A la derecha de la entrada principal está el bautisterio, cuyo piso está un escalón más alto que el del ternplo. El coro ocupa una de las divisiones del templo, la que está junto a la fachada; su piso-techo es idéntico que el techo del templo: de vigas de fierro y viguetillas de madera con bovedillas de argamasa apoyado sobre arcos. Su pavimento es de ladrillo francés. El arco rebajado que tiene al frente está sostenido por dos pilastras intermedias y no tiene barandal. Una ventana que arranca del mismo, le proporciona luz y ventilación.
En el costado norte del presbiterio existe una puerta que comunica con la sacristía; ésta es una pieza amplia con paredes de mampostería y techo de rollizos que se apoyan en los muros de los costados y en un arco de medio punto sobre pilastras, todo de mampostería construido en su parte central. El piso es de tierra apisonada. Además de la puerta que comunica con la sacristía, tiene otra y una ventana que dan al patio.
En el costado sur del templo y simétrica con la sacristía, está otra pieza de paredes de mampostería y destechada, la cual no está comunicada con el templo. Tiene una puerta que da al atrio y una ventana con vista a la calle 20. Ocho contrafuertes, cuatro a cada lado, refuerzan las paredes del templo. En el muro oeste de la plaza anexa se levanta una espadaña de dos cuerpos con un arco para campanas cada cuerpo. Las espadañas son de dos cuerpos, teniendo en el primero dos arcos para campanas, y en el segundo uno. A los lados tiene pequeños remates piramidales.
Los pretiles están almenados. La fachada principal ostenta una espadaña a cada lado y en el centro un frontón rematado con una cruz de piedra.
CONDICIONES MATERIALES. Con excepción de la capilla destechada y la barda destruida del atrio, el resto de la construcción se conserva en buenas condiciones."
