El antiguo convento franciscano desapareció casi en su totalidad, restando sólo tramos de muros aislados. En el último tercio del siglo XVI, durante la visita del Padre Ponce de la orden franciscana dice su acompañante el fraile Ciudad Real "...Sabado 15 de nov. partió el padre comisario de Erongarícuaro.... llegó al pueblo de Pechátaro donde fue muy bien recibido.
El pueblo es muy pequeño, de los mesmos indios y obispados... El convento es asimesmos pequeño, hecho de adobes y cubierto de paja, tiene una bonita huerta en que se dan muchas frutas y hortalizas de Castilla; Moraban en aquel convento (cuya vocación es de Sto. Tomás) dos frailes... no tiene el convento ninguna visita..."
El amplio espacio que precede a la neve, queda frente a lo que hoy es la plaza pública invadiendo parte de lo que fue el atrio, delimitado mediante una barda corta de mampostería con una celosía en su parte alta hecha con tabique, el área está conformada por recuadros de pasto rodeadas de franjas de andadores de cemento, carece de vegetación exceptuando un pequeño oyamel y algunos arbustos. Frente a la fachada de la nave se ubica una portada atrial de características neoclásicas compuestas por un arco de esbeltas dovelas de clave resaltada sobre impostas y jambas lisas cuya manufactura denota deficiente corte de la sillería que se flanquea de pilastras planas que se unen por una cornisa dentada sobre la que desplanta un frontón triángular con una cruz en el vértice y dos almenas incompletas en los extremos colocadas a eje de las pilastras; la reja es métalica, reciente y de feo diseño. Entre la nave y la portada, desplanta sobre una plazuela de piedra labrada, se ubica la cruz de poste y brazos cilíndricos con peana cúbica colocada en el vértice de un basamento cuadrado que sube en talud para formar una media esfera en la que se apoya dicho elemento.
La fachada de la iglesia precedida por un escalinata de esquinas curvas, fue modificada el siglo pasado creandóse un efecto extraño basado en un diseño ecléctico que se engaña al espectador por la placa de cantera que está tallada y colocada sobre la clave del arco. El paramento liso flanquea de dos pilastras planas que no cargan friso ni entablamento alguno, a sus extremos surge una guirnalda que sube formando un bulbo para sostener un elemento circular con una flor al centro. Varios cortes horizontales se producen en la mampostería envideníiandose distintas intervenciones que alteran el diseño original. En medio del imafronte se ubica un vano de arco escarzano con manguetería a cuadros de madera y vidrio coronado por un esbelto frontón, tanto el dintel como las jambas son esbeltos y se apoyan en una repisa moldurada; delimitando la guía de laureles surge un paño que se inclina siguiendo lavertiente a dos aguas del tejado. En la parte inferior de la fachada está el acceso protegido por una puerta neoclásica de tableros que se adorna por un resplandor propio de los diseños de la época. El arco es de dovelas pequeñas y poco espesor al igual que las jambas y las reducidas impostas; el paramento está aplanado y pintado en color de rosa.
La torre se ubica en la esqiuina norponiente y tiene su acceso por el atrio através de un estrecho vano con arco de medio punto, el cuerpo inferior es un ancho volumen con una ventana rectangular en su parte media, se refuerza en la base con dos elementos rectangulares escalados, mediante una cornisa se separa de los cuerpos superiores que son cuadrados y reducen su tamaño segú n se asciende, presentan vanos de medio punto en cada una de sus caras y albergan las camapanas. Rematan en la parte superior desplanta una cruz. Toda la torre es de mampostería recubierta con aplanado y pintado de blanco.
La nave es de una sola planta con el ábside plano reforzado por el exterior mediante un contrafuerte que invade la calle que se abrio en sus espaldas y que corta la extensa huerta que describió Antonio de Ciudad Real; los muros son de pidra y lodo recubiertos con enjarre de éste último material por el exterior y de mezcla terciada por el interior carecen de decoración y se encuentra totalmente pintados de blanco; dos vanos en el muro norte y tres en el muro sur dan una regular iluminción que se compone con los dos óculos que flanquean el altar princiopal horadando el muro absidal.
El coro se ubica al pie de la nave, se sustenta mediante un serie de puntales, no obstante conservan dos basas de piedra y una columna de madera las cuales subsisten de la inicial construcción, gruesas vigas soportan de lado a lado del muro una tablazón plana, todo estucado y pintado de azul, antesotocoro en medera pintada de verde con vanos piramidales procede la nave y en una de las esquinas vemos el interesante caracol que sube hacia el coro, mismo que se delimita por un barandal torneado; en el lado opuesto se conserva una portada de grandes jambas lisas de fuste monolítico con capitel toscano sobre las que descansa un arco de grandes dovelas con vestigios de color en rojo sobre estucado blanco y marron en una segunda capa; que comunica a la parte inferior de la torre en donde se guardan objetos de culto, entre los que se encuentra una pila bautismal del siglo XVI en lamentable estado de deterioro.
El piso de la nave es de mosaico y sube hacia el presbiterio un escalón delimitandose por un comulgatorio de arcos en medio punto con caracteristicas neoclasicistas; apoyado sobre el testero está un altar también neoclásico de buena factutra, al frente se desplaza el ciprés de dos cuerpos apoyado en columnas de capitel compuesto que alberga un Cristo de caña, el nicho del segundo cuerpo está delimitado por un barandal torneado con Santo Tomás en el interior, sobre la bóveda que lo cubre surge un resplandor de extensos rayos dorados que se repite en las dos calles laterales, frente a la mesa del ara está la escultura de San Francisco.
La techumbre es muy interesante conforma un medio cañón separado con cerchas dobles simulando fajones, se abre sobre el presbiterio en gajos que se apoyan en los largueros, el ábside y dos cuadrales, está delimitada por un barandal torneado, quedando la venera adornada con éste alemento; está pintada de azul y sobre el tramo central se corona con un curioso capulín de madera, único en las techumbres avaneradas. Los fajones de la bóveda muestran decoración florida al temple, y en la tablazón se encuentran vestigios de decoración también vegetal muy borrosa por el tiempo aplicada sobre pintura azul al temple. Sobre el artesón desplanta una armadura de tijera que soporta pares con una hilera al centro las que se apoya la venera jerarquizando de este modo el área sacra.
Los anexos que conformaron el pequeño convento de adobe en donde se albergan los dos frailes que visitaban algunos poblados vecinos se conserva sólo parcialmente, unos cuantos muros de pie se contemplan con otros que datan del siglo pasado y algunos más del presente, la planta del segundo nivel se construyó a la manera de las trojes con tablones y cubierta de morillos y teja. En lo que fue el patio claustral se confromó el pórtico mediante columnas de madera de ascendencia indígena; en los costados se construyó una iglesia nueva que substituye la antigua capilla del hospital hoy demolido.
