Situada en un área muy escarpada en la Sierra Madre y el Nudo Mixteco, Santo Domingo de Yodohino fue una población prehispánica que sobrevivió como pueblo.
Los dominicos evangelizaron esta área, pero el 1° de febrero de 1743, el rey firmaba una cédula real por la que se expropiaban a los dominicos todas las casas vicarias pasara que fueran entregadas a los clérigos.
Recurrieron al rey, y éste concedió el 23 de junio de 1757 que quedase en poder de esta provincia el convento y curato de Teposcolula y la vicaría y curato de Coixtlahuaca, desde los que atendían 30 pueblos.
La planta es de una nave, reforzada con contrafuertes dispuestos rítmicamente a lo largo de sus muros; y uno de mayores dimensiones en el muro testero.
La portada es de estilo renacentista, y se reduce a la decoración del acceso de medio punto con enmarcamiento de cantera con casetones con el símbolo de la cruz foliada inscrita al centro, y Santo Domingo en la clave. Dos cornisas limitan en altura la ventana coral y en la parte superior, un nicho con escultura. Todo el frontispicio tiene un remate de líneas curvas con pináculo al centro.
Contiene una inscripción: 1709 año hmm a miercol 30 ener.
Tiene una sola torre, y está integrada al paramento de la portada. El campanario es de un cuerpo de planta cuadrangular y remate con cupulín de base ochavada.
