El Templo de San Juan Bautista de Rayas tuvo sus origenes en una antigua capilla de mineral, posiblemente desde mediados del siglo XVII. Cuando Vicente Manuel de Sardaneta y Legaspi sanea las finanzas de la Mina de San Juan de Rayas de su propiedad, reedifica la antigua capilla de mineros en un año cercano a 1776. Tales modificaciones supusieron la ampliación de la planta de la capilla y definitivamente la construcción de la soberbia portada estípite, tal vez diseñada por Felipe de Ureña.
Este inmueble recibió los elogios de todos los viajeros europeos de los siglos XVIII y XIX que visitaron el Real de Guanajuato, particularmente por la gran calidad plástica de su portada. En su época de auge, poseyó una influyente Casa de Ejercicios que junto con el templo eran atendidos por los jesuitas del Colegio de la Santísima Trinidad, tan estrechamente relacionados con los Sardaneta, dueños de la mina.
Con el decaimiento de la minería después de la Revolución de 1910, la Mina de Rayas dejó de producir las grandes ganancias que le hicieron famosa; el bullicioso poblado a su alrededor fue deshabitado y su magnífica capilla, abandonada. Con el paso del tiempo, la incuria y las explosiones subterráneas causaron grandes estragos en el edificio, abriendo importantes grietas en sus muros y cubiertas, derribando espadañas y arruinando el interior.
Por fotografías de la época podemos describir el inmueble como un templo en planta de cruz latina de tres tramos, crucero y presbiterio. Una cúpula octagonal rematada por una alta linternilla estípite cubre el crucero, mientras que la importante portada estípite ornamenta la fachada principal, al tiempo que es complementada por una delgada torrecilla de dos cuerpos que alguna vez tuvo un reloj, mientras que las campanas descansaban en una espadaña sobre el muro norte.
Ante la inminente pérdida total del edificio, en 1945 por iniciativa de la sociedad civil, la portada es trasladada piedra por piedra al pequeño templo de Guadalupe de Pardo en el centro de la ciudad. De la misma manera, algunos estípites de la cúpula permanecen en una nueva construcción en Valenciana; los relieves de las pechinas se trasladaron a la escalera mayor de la Escuela de Ingeniería; y finalmente dos pequeños retablos barrocos dorados orman en la actualidad los transeptos del Santuario de Cata.
La construcción de la Carretera Panorámica, que bordea los cerros inmediatos a la Cañada de Guanajuato, vino a terminar con los pocos restos del inmueble que aún estaban en pie; puesto que el eje de la carretera pasó exactamente por el centro de las ruinas, dejando únicamente algunos restos de muros que se aprecian en las fotografías.
Vista del antiguo templo de San Juan de Rayas cuando todavía se encontraba en pie. Circa 1920. Se aprecia la soberbia portada estípite en su conformación original -diferente de la que se observa actualmente en Pardo- así como la cúpula hoy totalmente desaparecida. Son particularmente notables los fuertes agrietamientos que corren por el muro del costado norte.
