El primer antecedente de este templo es una vieja capilla de origen virreinal, fabricada de adobe y techada con viguería de madera, en la que se veneraba al Cristo de la Misericordia -hoy conocido popularmente como de la Conquista-. Se decidió reconstruir esta capilla con el respaldo del Padre Celso Rodríguez, quien inició los trabajos de reconstrucción el año de 1899.
El nuevo edificio alcanzó a ver terminada la cúpula sobre el crucero, lo que valió la bendición canónica por parte del Obispo Ruiz y Flores el día 7 de Abril de 1901; pese a que el templo nunca fue concluido totalmente, puesto a que la gran torre central de la fachada se levantó únicamente hasta el primero de sus cuerpos.
La planta del inmueble está compuesta por tres naves, que son precedidas por un nártex porticado de un sólo tramo, al que sobreviene el tramo del sotocoro de una sola nave, que precede a la ampliación del espacio interior de manera basilical. El recinto del culto se compone por dos tramos idénticos, amplio transepto y un tramo más cuya nave central contiene el presbiterio. Los espacios están cubiertos por bóvedas de arista, a excepción de la nave central del transepto donde se levanta una alta cúpula.
Este último elemento se desplanta desde un doble tambor de planta circular, cada uno de ellos articulado en su interior por doce grupos de medias muestras pareadas de capiteles corintios que flanquean grandes ventanas rectangulares; mientras que al exterior, las medias muestras se vuelven columnas individuales con el mismo capitel. Sobre estos elementos se levanta la media naranja elíptica bajo una linternilla que presenta ocho vanos trilobulados heredados del neogótico leonés.
En el interior se destaca el retablo mayor del presbiterio, levantado con una concepción ecléctica con predominio de elementos clasicistas, en el que se venera al Cristo de la Conquista y a la Virgen del Carmen entre los santos carmelitas Juan de la Cruz y Teresa de Jesús. La fachada principal está compuesta por el pórtico del nártex de acceso, compuesto por un cuerpo y tres calles que contienen arcos de medio punto entre grandes machones tablerados.
Sobre la calle central de este pórtico se destaca el primer cuerpo de una gran torre que no se concluyó, cuya imagen final se diseñó para jerarquizar el acceso y realizarlo a través de ella -como es común en varios edificios religiosos del siglo XIX en el bajío guanajuatense-. Este único cuerpo sirve para ampliar el espacio del coro al tiempo que presenta un rosetón en su campo central, flanqueado por otros gruesos machones tablerados.
