San Miguel del Río La Atziguía, se menciona como una de las estancias de Iztepeji en 1579, que se conserva como pueblo para 1600.
Los dominicos visitaron el área desde la década de 1530, y hay una vaga referencia a un convento de Iztepexi antes de 1556.
Para 1570 había clérigos en Santa Catarina Iztepexi que visitaban los lugares en jurisdicciones políticas adyacentes, una de ellas era San Miguel del Río.
Su templo data del siglo XVIII, es de una nave y está cubierto con una bóveda de cañón. Su portada es un sencillo medio punto sostenido por pilastras lisas. Una claraboya ilumina el coro. Dos torres flanquean la portada, la del lado poniente con campanario cuadrangular de un cuerpo.
