Formó parte del hospital fundado por los religiosos de San Francisco. Jorge Bay lo data en 1545 aunque D. Manuel Toussaint afirma que esta iglesia del hospital" es posible que sea como lo cuenta la tradición ...el más antiguo templo de Pátzcuaro..., aunque del hospital ya desde 1940 ... no pueda verse resto ninguno .... En este edificio se conservó hasta el siglo XIX la sede del gobierno indígena a quienes ahí ...se les administraba la doctrina y los santos sacramentos por los franciscanos..., nos dice D. Manuel Rivera Cambas.
El conjunto consta de: atrio y nave con su torre y sacristía, se orienta de Norte a Sur paralelo a la calle, con el ábside en la esquina, se ingresa a través de una portada formada por un acceso de medio punto enmarcado por dos pilastras que soportan un entablamento de cornisa en saledizo rematada por ánforas, los muros laterales forman dos curvas que complementan la silueta neoclásica.
El atrio de tierra fué reducido por una barda de adobe quedando seccionada la parte posterior y una franja de frente en forma de L.
En 1985 personal de Secretaría de Desarrollo Urbano y Ecología demolió la barda rescatando el resto del predio que estaba en proceso de venta a un particular, recopilando los trozos de la cruz atrial que se encontraban dispersos. Los restos del hospital pertenecen a los vecinos quienes se han apoderado totalmente del terreno que ocupaba.
La fachada es lisa, solo cortada por una portada conformada por el acceso de medio punto sobre jambas decorados con dos canales en el extradós; se delimita por dos pilastras planas decoradas con una flor tallada en el fuste que soporta una cornisa moldurada en saledizo, en las enjutas se encuentran dos conchas. Sobre la cornisa se encuentra la ventana rectangular del coro con un sencillo marco de cantera; el remate de la fachada es triangular siguiendo las dos aguas de la pendiente de la techumbre, con una cruz de piedra en la cumbrera.
La torre de mampostería se ubica al lado oriente, es lisa, consistente en un fuerte cubo ciego, horadado por un sencillo vano rectangular que sustenta un cuerpo cuadrado de adobe con cuatro vanos de medio punto reforzado con pilastras simuladas en las esquinas que forman el campanario, con tres campanas en el interior, una de ellas dice Hospital de San Francisco, 1884., cubierto con viguería y teja; en el interior la escalera de caracol inicia en cantera y se continúa en madera.
En el lado oriente está el acceso hacia la calle, de medio punto sobre pilastras tableradas; en este sitio se detuvo Doña Gertrudis Bocanegra en su camino hacia el patíbulo, sin que se le permitiera el acceso, para evitar el derecho de asilo concedido a la orden franciscana desde principios de la evangelización.
La nave es rectangular con ábside plano, formada por muros de adobe desplantados de cimientos de piedra, enjarrada al exterior con barro y al interior por aplanado de tierra y cal pintado en color amarillento, hacia la calle se abren tres ventanas de dintel de madera colocadas en los extremos, en el lado opuesto se encuentran dos más; el piso es de madera y cambia de nivel en el presbiterio en donde es de mosaico, aún conserva el barandal de madera del comulgatorio. El altar que Toussaint vió en 1940, ya no existe: ...sus altares son del siglo XIX, sin interés: solo en el mayor puede admirarse un magnífico frontal de madera tallada y dorada...fué sustituido por otro de factura popular feo y desproporcionado.
En el presbiterio se encuentra un acceso, Toussaint lo califica como notable y dice: ...es renacentista, indudablemente data del siglo XVI, pero por desgracia la cantera ha sido pintada de blanco de modo que para el visitante que no está advertido pasa ignorada...(p.119), esta portada es de medio punto con dos columnas candelero sobre basas lisas en las que surge una guirnalda de flores unidas por un cordón enmarcadas en molduras de dobles listeles en cañuela y un pequeño alfiz moldurado con dentículos.
La techumbre al interior es de medio cañón, de fajillas de madera y láminas de Zinc con decoración tipo tapiz, cuatro arcos fajones apoyados en canes desplantados de la cornisa conforman la bóveda recubierta con armadura de madera y teja al exterior, el coro es un entarimado de madera con barandilla labrada. La sacristía consiste en una habitación con portal de columnas de madera, techada con viga y teja, el piso es de ladrillo y la puerta tablerada de acceso data del siglo XIX.
Se conservan interesantes piezas como son: una escultura de San Francisco de Asís y la virgen María, así como San Francisco de Paula, San Antonio de Padua, y otras que datan del siglo XIX.
Varios lienzos de San Francisco firmados por Juan de la Zerna en 1744, del mismo autor dos retratos de Obispos, también firmados.
En 1984 se consolidó la torre que amenazaba colapsar, reponiéndose el enjarre exterior después de inyectar las grietas; el falso plafón de la bóveda presenta desprendimientos y alto grado de deterioro, los muros deben ser consolidados así como los aplanados, pisos y coros requieren de tratamiento y fumigación.
