Se le conoce también como templo de San Francisco Xavier o Biblioteca Pública.
Los jesuitas se establecieron en la ciudad desde 1580, para dirigir el Colegio de San Nicolás, que se trasladó de Pátzcuaro, al frente venían los padres Juan Sánchez y Pedro Gutiérrez. Hasta dos años después consiguieron los terrenos para construír un colegio, para mejorar la finca recibieron el importante donativo de una estancia con 3700 cabezas de ganado menor, casas y corrales, nos dice Marco Diez.
El templo se planeó como ... una iglesia sumptuosa, sacristía, retablo de altar mayor... y se inauguraría en un plazo de ocho años en 1660 el donante Roque Rodríguez firmó contrato de compromiso para iniciar, por lo que el primero de diciembre, víspera de San Francisco Xavier se colocó con gran pompa la primera piedra, los trabajos no pasaron de los cimientos ya que un año después moría el benefactor y los 25 mil pesos que aportó se consideraron insuficientes, ya que solo esta parte del edificio importó más de la quinta parte.
No faltaron benefactores que agregados a la intensa labor educativa de los miembros de la compañía lograron concluir con éxito su iglesia además del sólido y espacioso colegio anexo. El auge de la institución fué tal que para 1767 cuando fueron expulsados eran la organización más rica de Valladolid, las estancias, haciendas y propiedades la habían convertido en la más poderosa de las órdenes eclesiásticas. Obedeciendo a la expulsión decretada por Carlos III los jesuitas abandonaron el país, entre el grupo que se fué estaba Francisco Xavier Clavijero el ilustre cronista. El edificio se entregó al clero secular en 1773 que continúo el culto hasta 1930 en que se le destinó a Biblioteca Pública, mientras el colegio fué sede en 1854 del tribunal de justicia hasta 1858; durante el imperio se utilizó como depósito de parque y municiones.
De 1869 a 1882 sería sede del Colegio de San Nicolás, mientras se hacían reparaciones en el local nicolaita, en este año se autorizó una escuela de arte correccional, y funcionaron también en él una serie de instituciones educativas deteriorándose cada vez más hasta 1970 en que se planteó destinar el claustro para oficinas de gobierno y la iglesia para Biblioteca Pública.
La nave fué reparada a mediados del siglo pasado consolidándose la bóveda y la sacristía, así como la tribuna.
Se ubica poniente-oriente, con la fachada principal hasta este último punto y otra secundaria hacia el sur; el colegio se comunica con la nave colocada al norte del templo.
La fachada principal se encuentra enmarcada por dos torres, con portada al centro. El acceso es de arco rebajado con extradós moldurado sobre impostas flanqueado por dobles pilastras dóricas, estriadas de altas basas que soportan un entablamento moldurado con friso almohadillado, sobre la cornisa desplanta la ventana del coro en medio punto apoyada sobre medias pilastras estriadas que se cortan con capitel simulado y continúan hasta el tablero que delimita el segundo cuerpo, nivelándose a otras dos que las flanquean; los extremos se delimitan por un nuevo par de pilastras en cuya cornisa se apoyan pináculos de perillón.
En la clave de la ventana coral vemos un elemento inusual. un pelicano que se abre el pecho, en una clara alusión a Jesús. Sobre el entablamento moldurado desplanta de un recuadro en el que se ubica el escudo de la orden que fué destruído a raíz de la expulsión de los miembros de la compañía, a su alrededor grecas manieris tas cubren un frontón trunco encuadrado con doble moldura que se conjuga con pilastras entableradas que delimitan la portada. Sobre la peana desplanta una cruz de cantera de doble travesaño. Esta fachada es uno de los principales ejemplos de barroco tablerado moreliano.
Al Sur de la nave está la fachada lateral, mucho más sencilla, se enmarca por dos amplios contrafuertes, y consiste en una portada de arco rebajado de extradós moldurado y clave resaltada en hoja de acanto sobre impostas corridas que abrazan la pilastra con jambas acanaladas que flanquean el acceso. Prolongándose hasta el entablamento sobre cuya cornisa desplanta un doble ático en tablero liso enmarcado por molduras manieristas que simulan un pináculo. Como remate superior está una ventana de arco escarzano que conserva vestígios de aplanado con policromía en tono rojo almagre.
Las torres a ambos lados de la portada desplantan de un cubo dividido en tres secciones mediante cornisas en saledizo, sobre las cuales un basamento liso e intermoldurado sirve de apoyo a los dos cuerpos superiores. El primero es cuadrado con doble vano en cada paramento de impostas corridas que abrazan las esquinas, encima de las cuales encuentran almenas. El segundo cuerpo es de planta octagonal con vano de medio punto en cada una de sus caras, se cubre con bovedilla cónica de remate esférico; en cada ángulo del cupulín se encuentra una almena.
La nave es de planta de cruz latina cubierta con bóvedas de arista en el cuerpo y de luneto en el presbiterio y los brazos, con cúpula en el crucero apoyada sobre pilastras acanaladas de capitel compuesto que se continúa a lo largo de la nave. Arcos torales enmarcan los cuerpos de la nave prolongándose desde las pilastras.
El sotocoro se apoya en tres bóvedas de luneto sobre arcos escarzanos y pilastras acanaladas, en él hay dos accesos con el típico barroco tablerado moreliano; la nave tiene claridad por las ocho ventanas que se encuentran en los muros norte y sur, que se complementan con las ocho del tambor de la cúpula. Esta última es de planta octagonal con cuatro ventanas exagonales y cuatro rectangulares colocadas alternadamente, la bóveda es de gajos con linternilla octagonal de vanos arqueados con pináculos en las aristas y cubierta de cupulín. La decoración interior es de tipo neoclásico y fué hecha a fines del siglo pasado.
El adaptar el inmueble para biblioteca en 1930 requirió de una impresionante obra de carpintería en tres niveles, hecha con maderas finas en las que se guarda el importante acervo bibliográfico del estado. Los muros fueron decorados con murales firmados por Hollis Holbrook.
El gobierno del Estado hace uso del inmueble, sin que se localicen documentos de enajenación del edificio a su favor por parte de las dependencias federales. En espera de localizar algún documento al respecto no se le asignó Registro Federal Inmobiliario que lo identifique, en tanto, se encuentra bajo custodia de Patrimonio Estatal.
