El conjunto conventual está formado por un atrio grande con dos accesos: uno lateral, sobre la calle principal, y otro de frente al templo, en la plaza del pueblo.
En el interior del atrio, sobre las cuatro esquinas, se localizan capillas posas, tres de las cuales están prácticamente en ruinas y la cuarta, en mejores condiciones, funciona como acceso lateral al claustro. Del lado derecho de la fachada, también en ruinas, se encuentra lo que posiblemente fue la capilla abierta. Hacia el lado norte, en la parte posterior del templo, quedaba la huerta, espacio que, como la mayoría de los conventos, ha sido invadido. El claustro actualmente está ocupado por el Centro INAH Morelos, donde se resguarda un banco de documentación histórica.
En la fachada principal se encuentran restos de la capilla de indios, conforme a la codificación del cardenal Borromeo, las dos torres de factura diversa que sobresalen del paramento y la portería del claustro a la izquierda. La portada de la iglesia de este convento del siglo XVI es de estilo plateresco, con combinación de elementos renacentistas y góticos.
Las torres, aunque diferentes en su acabado superficial, tienen similitud en la forma, ya que se integran cada una de dos cuerpos y remate superior con cupulín y cruz de diferente manufactura.
El pueblo de Tepoztlán fue uno de los cinco tlatocayotl de la región que Hernán Cortés recibió como merced, por lo que debió estar incluido en la campaña de evangelización de los franciscanos de Cuauhnáhuac en la región, como lo menciona el cronista Mendieta. La tradición dice que la primera iglesia fue Teopanco, donde se encontraron cimientos de un monasterio, y que la misión fue cedida posteriormente a los dominicos, quienes construyeron el actual monasterio en un sitio donde estaba una capilla de indios en la parte posterior de la nave principal.
Existen varias tradiciones, como la del Señor de Tepoztlán, la de Quetzalcóatl y otras, que son indicativas de la importancia que adquirió en su época esta población. A mitad del siglo XVIII, este monasterio fue secularizado, cayendo en el abandono debido al sistema de administración religiosa yo por los conflictos entre seculares y regulares después del Concilio de Trento.
