Fundado en 1626 en terrenos y construcciones que donó una rica indígena llamada Clara María. Se encontraba cerca de los acueductos que suministraban agua a la Capital.
Al principio funcionó como Ayudantía de la Parroquia de la Santa Veracruz, pero poco tiempo después, debido a litigios, los Mercedarios trasladaron su fundación a unos terrenos aledaños, cedidos por el padre Antonio Ortíz. En estos terrenos se construyó un templo y su convento adjunto, con la ayuda de los donativos de un cacique indígena llamado Juan Marcos, así como por los de la señora Isabel Picaso; estas obras se concluyeron en 1678, denominándose "Belén de los Mercedarios",
En 1686 el capítulo de los padres Mercedarios acordó que el convento sirviera a la vez corno centro de estudios bajo la advocación de San Pedro Pascual. Cabe mencionar que el colegio realizó una importante labor en su época.
El deterioro en que se encontraba obligó a su reconstrucción, siendo su benefactor don Domingo de Campo y Murga; "se dedicó a 28 de diciembre año de 1735" como se lee en las piedras labradas de la fachada del templo. En el norte del templo se construyó la Capilla de las Animas.
En 1861 a raíz de la exclaustración, se utilizó corno asilo de mendigos, cuartel y escuela médico militar; también se usó como "enfermería veterinaria de ganado de tiro y de silla del ejército".
En los inicios del siglo XX se realizaron varias modificaciones en el templo. Entre éstas se conocen varios proyectos para abrir una portada a la Capilla de las Ánimas en la fachada Norte, la cual poseía un nicho central, a manera de la estampa posterior del altar mayor. Se remataba la fachada con el muro piñón de la bóveda y la limitaban contrafuertes ochavados en cada lado.
La autorización y recomendaciones del proyecto fueron dados por una junta de arquitectos formada por Antonio Rivas Mercado, Manuel Gorozpe, Nicolás Mariscal y M. Plowes.
Es entre 1906 y 1908 que se realizan modificaciones y se adecuan locales anexos, redecorando el templo, modificando y cambiando algunos altares. Se realizaron otros cambios a mediados de este siglo.
El edificio fue declarado monumento en 1931.
El trazo de la planta del templo es de cruz latina con el ábside hacia el poniente y la portada al oriente; actualmente la fisonomía del interior es confusa, pues en el transcurso de este siglo se han realizado ampliaciones en los costados de la nave, dando la impresión de ser planta de tres naves.
El templo está cubierto por bóvedas y casquetes esféricos, y en el crucero se levanta una cúpula con linternilla sobre pechinas y tambor.
En el interior aún se conservan dos retablos churriguerescos a los que se les añadió un rodapié y el altar en mármol.
La portada principal del templo, que se abre hacia la plaza, se realiza en dos cuerpos; el primero contiene la entrada de arco de medio punto moldurado, entre piastras de fuste estriado y capitel dórico, sobre el que se desplanta el basamento del segundo cuerpo. En éste se abre una ventana al coro con un marco moldurado con coderas, contenido entre pilastras estriadas, cuyos capiteles están dentro del orden corintio.
Estas pilastras sostienen un entablamento, cuyo friso está decorado con formas vegetales, rematándose todo con un frontón triangular, cortado en la parte central para alojar el escudo mercedario y guarnecido por un nicho aconchado con roleos a los lados y una cruz al centro. A los lados se observan dos gárgolas; a la altura de la base del segundo cuerpo hay un anagrama de María y otro de Jesús a modo de escudos.
En la cartela que se encuentra en el fachada, está inscrito el siguiente versículo.
"ECCE SALVATOR TUUS VENIT MERCES. ELUS CUMEO.
ISAIAE. CAP. 62 N. 1 1 "
Hacia el Sur se levanta una torre campanario de cuerpo ochavado en el cual se abren cuatro arcos conopiales a cada lado y, en los cuatro restantes, pilastras cuyo fuste en la parte superior está estriado, mientras que el inferior está en "zig-zag" horizontal. La coronan un cupulín con linternilla y cuatro remates.
La portada original de la Capilla de las Ánimas, que durante mucho tiempo estuvo tapiada, se encuentra hacia la plaza del Capitán Hilario Malpica. Consta de un arco de medio punto moldurado y con la clave realzada: a los costados se observan pilastras entabieradas con basamento y capiteles trabajados en el equino con formas circulares.
El entablamento presenta triglifos y metopas. Sobre la cornisa se abre una ventana hecha posteriormente, como lo demuestran los restos de las pilastras del posible vano original. A los costados existen basamentos, uno de ellos rematado por un ángel en relieve.
Está limitada por dos contrafuertes.
La portada de esta capilla que se abrió por Arcos de Belén consta de dos cuerpos; el primero presenta un arco de medio punto, enmarcado por pilastras dóricas, que sostienen el entablamento. En el segundo cuerpo se abre una ventana enmarcada por pilastras con capitel corintio, que sostienen el entablamento, cuyo friso tiene motivos vegetales y se remata por un frontón triangular quebrado sobre el cual aparece el escudo mercedario.
Toda esta fachada se desenvuelve bajo un gran arco escarzano desplantado sobre dos pilastras. Al sur, el edificio anexo es de dos plantas, fue realizado en 1908.
Su fachada está dividida por tres pilastras, con todos los vanos cerrados en medios puntos trabajados en cantera.
