Don Luis de Velasco, en 1522, concede cédula para que funden los agustinos en Jiquilpan, misma que fue emitida hasta el 3 de enero de 1553. En ella se expresa que “...la traza debía ser modesta según la condición de los pueblos, para que la gente no recibiera agravio, pues debían hacerla con su trabajo los naturales del pueblo y lugares comarcanos...”. Sin embargo, el obispo de Michoacán, Tata Vasco, recién regresado de España, no creyó conveniente la expansión de los religiosos a costa de las parroquias de sus clérigos y se negó a la fundación, ya que Tlazazalca, la cabecera, había estado a cargo del clérigo Pedro de Yepes.
Debido a esa negativa, no se hizo el convento agustino en Jiquilpan, por lo que se conservó como territorio de los frailes de San Francisco, quedando en sus manos. Los franciscanos se establecieron entre 1530 y 1540, tuvieron la evangelización del sitio, quedando bajo su control hasta el año de 1598, en que se erigió en curato.
Una de las fundaciones que se llevaron a cabo desde el siglo de la evangelización fue la de Nuestra Señora del Refugio, y la edificación de su capilla corrió a cargo de los españoles que se avecindaron en Jiquilpan y que la tenían como su patrona. La capilla mencionada se ubicaba en el entonces pueblo de los Remedios, muy cerca de la ciudad de Jiquilpan.
Se sabe que la fundación de la primitiva capilla fue por la orden franciscana y el primer padre que ejerció en ella fue don Emilio Hernández, el cual no estaba de planta, sino que era “visita” de la cabecera ubicada en Jiquilpan. Desconocemos la fecha de fundación, aunque sabemos que inicialmente estuvo construida a base de adobe hasta los tiempos en que estuvo a cargo del padre René Romero y el cura Carlos Verduzco.
Durante la época de la lucha de Reforma, en el siglo XIX, el saqueo de templos y capillas por los liberales en la ciudad afectó no solo a este género de edificios, sino a toda construcción religiosa, hecho del que no quedó exenta esta iglesia de los Remedios, sobre todo por haber sido principalmente centro de culto del dominante grupo español.
Pasado el tiempo, el edificio fue demolido y reconstruido nuevamente casi en su totalidad. Los santos que se veneran en el lugar son la Virgen del Refugio y Santa Cecilia.
En el tiempo de la Colonia era uno de los más importantes centros del culto católico, en el que se celebraban procesiones en conmemoración a la milagrosa imagen de Nuestra Señora de los Remedios, con sus correspondientes velas y hachones, siendo una de las más populares festividades de la ciudad. Estas procesiones se llevaban a cabo los días 31 de mayo y 31 de noviembre.
El edificio pasó a formar parte de los Bienes Nacionales intervenidos de la Nación a causa de las Leyes de Reforma.
La construcción que hoy vemos y que sustituye a la obra original consta de tres naves, a manera de planta basilical, siendo la central más alta, lo que permite una adecuada iluminación interior. El frente de la iglesia se flanquea por torres que, al alinearse al paramento de la fachada, le confieren el aspecto de una catedral.
Aunque los materiales que lo conforman, como son piedra y cantera, dan la impresión de un inmueble antiguo, es indudable que su estado actual obedece a una obra nueva que sustituye al anterior edificio, que, como ya se dijo, estaba construido en adobe con techos de madera. No obstante, su esquema de diseño imita las obras virreinales.
